妈祖庙会是指有关妈祖信仰的特定节日和重大祭祀举行的活动，是妈祖文化的重要组成部分。每年一般在妈祖诞辰日、妈祖升天日、元宵节等节日举行。
湄洲祖庙每年第一次庙会在元宵节举行，以纪念和感恩妈祖，湄洲民众广邀亲戚朋友前来参加，到正月廿九妈祖金身巡游全岛达到高潮。
第二次庙会是在农历三月廿三妈祖诞辰纪念日，前后3～5天，以祖庙隆重妈祖祭典为高潮，仪式庄重，影响深远，每年都吸引众多海内外信众前来参加。1983年农历三月廿三，两位台胞率先冲破台湾当局阻挠，绕道来湄洲祖庙朝拜，开台湾民众在两岸中断往来三十多年后到湄洲朝圣之先河。自此，每年妈祖诞辰庙会都有大批台胞参加。
第三次庙会在农历九月初九妈祖升天日，前后3～5天，以祖庙举行妈祖秋季祭典为高潮。如1987年农历九月初九，海峡两岸近10万妈祖信众在湄洲祖庙隆重举行“妈祖千年祭”纪念活动，延续近一个星期。同时还举行纪念妈祖逝世一千周年学术研讨会。
湄洲妈祖庙会内容丰富多彩、地方民俗特色浓郁。其中古老的莆仙戏、木偶戏是庙会活动中的主打项目，十几个剧团轮番演出，有的对台表演，竞赛技艺。
在歌舞表演则有传统山歌、渔歌以及各种民间舞蹈，舞龙、舞狮、踩高跷、皂隶舞、九鲤舞、九莲灯、棕轿舞、簪花轿、打花鼓等精彩纷呈。这种传统庙会还使外地早已失传的古代民间舞蹈皂隶舞、簪花轿、九鲤舞等完整保留下来。
开幡挂灯是庙会重要内容，分成鸣号、奏乐、出幡、升幡奏乐、挂灯、礼成，退场等部分，仪式严肃规范，场面气势磅礴。
武术杂耍也是受群众欢迎的节目，传统的莆田民间武术如南少林鹤鸣二十八宿、南少林三十六宝、南少林刀棍及各种魔术、兽戏等各显神通，令人叫绝。
庙会重头戏是妈祖神驾巡游全岛。在古老皂隶舞开道前引下，威武的仪仗队护驾，簇拥着妈祖神驾出巡全境。随后是妆驾踩街、歌舞、十番八乐、大鼓吹等民间文艺队伍。一路笙乐悠扬，锣鼓震天，鞭炮齐鸣，人们祈祝风调雨顺、国泰民安。
湄洲祖庙庙会自宋代沿袭至今已有千年历史，其丰富内容是湄洲百姓娱神自娱、人神共乐的传统文化形态表现，也是传统莆仙戏曲、民间歌舞音乐、民间武术、民间习俗得以传承重要载体，已成妈祖文化向世界各地传播一种生动形式。妈祖庙会不仅是祖庙的庙会，如今已传遍世界各地分灵的5000多座妈祖庙。各地妈祖庙的庙会则以湄洲传统习俗为蓝本，容入当地特色文化和特色民俗，不断丰富发展。
