百济语是南下朝鲜半岛建立百济国的扶余人所说的语言，属于扶余语系，其中百济的统治阶层为南扶余人，被统治阶层为三韩中的马韩人，两者语言不通文化不同。高句丽语和百济语（这两者语言史载均可与扶余语互通，属于同一系统扶余语系，但是历史记载的高句丽语和百济语均是这两国的统治者使用的语言，众所周知，这两国的统治民族都来自扶余，所以就不奇怪了）所属的扶余语系和百济（被统治阶层为主要为马韩人，操马韩语）新罗（主要为辰韩弁韩，操韩语）所属的韩语根本是两个系统。
所谓新罗可以和百济通话指的是新罗的韩族可以和百济的底层韩族百姓通话。而百济和高句丽族的通话则是同为扶余语系的统治民族，而百济统治民族是无法和百济韩族百姓用自己的语言沟通的。历史早有记载：“众所周知，百济的统治者原是扶余族的一派，而百济的百姓则继续使用马韩语，所以，不难想象他们用的是不同的语言。关于这一推论可从（周书·异域传）百济条中查到。据：‘“王姓夫馀氏，号于罗暇，民呼为吉之。夏言并王也，妻号于陆，夏言妃也”。统治阶层称王为‘於罗暇，妃为‘於陆’；而百姓称王为‘吉之’。这同时也证明扶余系语言与韩系语言是完全相异的享实。在百济时代，百姓使用的词汇没有必要转换成相对应的统治者的词汇而存在于百姓中。这种上层现象可谓百济语的一大特征。 ”
根据中国资料的记载，高句丽语与扶余、沃沮、东濊、百济（统治阶层）的语言属于同一语系，在中国东北部至朝鲜半岛形成扶余语系，而马韩、弁韩、辰韩等古三韩的语言，百济的被统治阶层的语言及新罗语（现代朝鲜语的直系祖先）在朝鲜半岛南部形成韩系语言，这两系列的语言有着巨大的差异。
在日本学界一直认为朝鲜半岛上的高句丽语同日语有着内在的联系、或者说使同属一个语系——扶余语系。而现在韩日学者又发现百济国语言也同日语有著某种关系，他们渐渐趋向于把这三种语言看成是同一个语系。金田一春彦所著的『日本语』中给出了一个很有意思的例子，他说在明治年代、吉林集安太王新村发现高句丽的语言、一个古碑上出现了「三」、「七」、「十」的汉字，而在这三个字的旁边出现了对这三个汉字读法的说明「 密」、「难」、「德顿忽」。学者发现这同日语有著某些的联系，日语固有的这三个数字的读音同古碑上注音极端的相似。
有不少人尝试把高句丽语、百济语及现时的日本语系诸语连系在一起 (Beckwith2004)：在这种假设的前提下，大和族很可能是从扶余国而来，而扶余人的语言随着地域的分隔，慢慢演变成为高句丽语、百济语及古代的 日语。美国印地安那大学的白桂思(ChristopherI.Beckwith)认为现时的日语仍然可以看到昔日的扶余语的痕迹，而这一段日语及扶余语系 的连结最早于1907年为两位日本学者所留意。白桂思(ChristopherI.Beckwith)尝试透过约140个含有高句丽词语的地方面来重新构 建高句丽语的发音。他发现：高句丽语在文法构词方面与日语相似，例如：genitive -no及attributive-si。白桂思(ChristopherI.Beckwith)在他的《日本·高句丽语系的民族和早期中国》（TheJapanese-KoguryoicPeoplesandEarlyChina）一文中，阐述了有关高句丽人和日本人之关系的语言学证据。 根据这些证据，他提出古代日本人（倭）和高句丽人的共同源地可能是在面向渤海的中国辽西地区；之后这个人群的一支向东越海到达日本，而过了几百年后另一支 则向东北迁徙，形成了高句丽人。只有这样才可能解释高句丽语和古代日本语的联系（本文内容发表于白氏新著：《高句丽语：日语在亚洲大陆的姐妹语言》 Koguryo, the Language ofJapan’sContinentalRelatives,2004），因此夫余语，高句丽语和日语远古时代很可能属于同源。据俄国籍的韩国问题专家 AndreiLankov介绍，白桂思教授的观点已经被国际上大多数的语言学家所接受。（亚洲时报Asia Times网站2006年9月16日报道）
