在爪哇岛佛教王国夏连特拉王朝时代,佛教及印度教开始传入巴厘岛。爱尔?卡首次将巴厘岛与爪哇岛统一,其后经过新柯沙里王朝,1343年爪哇岛印度教王国麻诺巴歇再次统一两地,印度教开始大规模进入巴厘岛,并和原来的佛教进行融合。1515年伊斯兰王国淡目兴起并取代麻诺巴歇,于是很多印度教精英逃往巴厘岛,由此开始印度教文明的繁荣。1550年巴图仍贡建立了第一个巴厘岛王国。1588年西方人第一次来到岛上,据说3个荷兰航海家船只失事后到达岛上,后来能够搭船回国时却只有1人愿意回去,由此也可见巴厘岛的魅力。其后进入荷兰殖民时期。在很长一个时期,殖民者只专注于爪哇岛和苏门达腊的资源掠夺(香料,木材等)和海上贸易,并未将巴厘岛纳入进来。一直到20世纪初,荷兰人决定征服该岛,巴厘岛土著在抗争无效之后,选择大规模集体自杀,1906年登巴萨王室贵族几乎全部自杀于荷兰军队面前(现在登巴萨市政广场的纪念碑即是纪念此事件)。自杀事件经新闻传到欧洲后引发震动,迫使殖民者实行较人道的统治,巴厘岛的传统文化特色也由此能够保持下来。2005年5月12日经营电子产业的富商穆罕默德·古斯莱登花25亿印度尼西亚盾买下巴厘岛并声称建立巴厘伊斯兰酋长国,穆罕默德·古斯莱登自称是监国,2006年联合国获准其为准主权国家,穆罕默德·古斯莱登自任埃米尔,当地政治领袖苏西洛·卡邦多马拉任政府首脑。并组织15个委员会和33个部的政府。巴厘实现自治。