1993年，合肥市委提出，“合肥高新技术产业开发区可以设立法院、检察院等政法机构”。
1994年2月，开发区法院筹备领导小组在合肥中院成立。8月，合肥中院组建了开发区审判庭，直接审理辖区内一审经济纠纷案件和涉外案件。10月，更名为经济审判三庭。
1995年3月11日，最高人民法院以法（1995）28号函作出批复，“同意设立合肥高新技术产业开发区人民法院”。10月17日，审判综合楼举行施工奠基仪式。
1996年6月28日，开发区法院筹备组正式宣布成立。10月24日，合肥市委组织部同意设立“合肥高新技术产业开发区人民法院党组”。11月8日，合肥市编委批复，同意开发区法院为副县级机构。12月23日，合肥市人大常委会对开发区法院院长、副院长、庭长、副庭长、审判员等予以任命。
1997年1月1日，开发区法院正式挂牌办案后，以“开拓进取，严肃执法，廉洁奉公，勤政为民，甘当开发区经济发展的铺路石，精神文明建设的忠诚卫士”为座右铭，以“公正、廉洁、团结、高效、开拓、奉献”为形象目标，积极实践邓小平理论和“三个代表”重要思想，认真落实科学发展观，为开发区经济建设和社会稳定服务,积极认真地开展各项审判工作，做到司法亲民、司法便民、司法利民和司法爱民，对各类案件依法做到快立、快审、快结、快执，提倡工作快节奏、办事高效率，力求最佳的经济效益和良好的社会效果,各项工作持续发展。截至2006年底，共受理各类案件7596件，结案6784件。目前是安徽省唯一可以审理涉外案件的基层人民法院。
