中世纪的欧洲，其实远不象人们想象的那样是一片黑暗和一片静寂，当时在一些贫苦农民、城市贫民和新兴市民中不断出现一些叛逆者，他们拒不接受教延的信条或大公会议的决定，因而被教廷斥为"异端"，受到残酷镇压。其中影响较大的"异端"派别，有产生于东欧的鲍格米勒派(Bogamiles)、意大利的阿诺德派(Arnoldist)、法国南部的阿尔比派(Albigense)
和韦尔多派(Waldenes， 亦称里昂贫人派)等。他们彼此声援，有时还相互串联，12 - 13世纪发展到最高潮。到14、15世纪，出现了英国的罗拉德派和捷克的胡斯派。
教廷为镇压"异端"，事先大选舆论，将他们说成洪水猛兽。1229年在土鲁斯(Toulouse)会议上正式决定成立"异端裁判所"(一译"宗教裁判所"或"宗教法庭")以侦查、搜捕和审判异端。教皇格列高利九世首先建立由教皇掌管的异端裁判所，指定多明我会士任裁判官。 1259年教廷正式规定，除教皇外，裁判官(主要由多明我会士和少数方济各会土担任)不受任何教会控制，并有权解释国家和教会的法规。
异端裁判所主要设在法、意、西等国，常以镇压"异端"或"异端嫌疑者"为名。疯狂迫害一些进步的思想家．科学家以及宗教改革家。成立于1479年的西班牙异端裁判所，组织严密，与世俗当局狼狈为奸，以手段毒辣、滥施火刑而臭名昭著。据统计，1483-1820年间受该所迫害者达30馀万人，其中以火刑处死的多达10馀万。这一异端裁判所直到1834年才被最后取缔。
16世纪中叶起，异端裁判所渐趋式微。1542年保罗三世设立"罗马枢机主教和世界异端裁判所"，作为所有信仰法庭的最高法庭。1908年罗马最高"异端裁判所"改称"圣部"(亦称"圣职部")，由教皇亲自主持，公布"禁书目录"，负责信仰的纯正化。1965年第二次梵蒂冈会议宣布宗教信仰自由，原来的异端裁判所又摇身一变，变成了"教义部"。
