免疫耐受按照其形成时期的不同，分为中枢耐受和外周耐受。
外周耐受（peripheral tolerance）是指成熟的T、B 细胞，遇内源性或外源性抗原，不产生正免疫应答，而显示免疫耐受。
外周耐受形成机制1、克隆清除和免疫忽视。
对外周组织特异性自身抗原应答的T或B细胞克隆，不能均在胸腺/骨髓中被消除，它们离开胸腺后，存在于外周淋巴器官和组织中，有机会接触自身抗原，如T细胞克隆的TCR对组织特异自身抗原具有高亲和力，且这种组织特异自身抗原浓度高者，可经抗原提呈细胞（APC）提呈，但此类未经活化的APC表达的辅助刺激分子很少，不能提供第二信号，致此类被自身抗原活化的T细胞发生凋亡，克隆清除。
如T细胞克隆的TCR对组织特异自身抗原的亲和力低，或者这类抗原自身浓度很低，虽由活化的APC提呈，因缺乏第二信号，不足以活化相应的初始T细胞，这种自身应答的T细胞克隆与相应组织特异抗原并存，在正常情况下，不引起自身免疫疾病的发生，称为免疫忽视（immunological ignorance）。若将免疫忽视细胞以适宜量的自身抗原刺激，仍可致免疫正常应答。
2、克隆无能及不活化。
在外周免疫耐受中，自身应答细胞通常以克隆无能或不活化状态存在。克隆无能和不活化由多原因所致，最常见者是不成熟树突状细胞（iDC）提呈的自身抗原，虽经过TCR-CD3活化，产生第一信号，但iDC不充分表达B7和MHCⅡ类分子，且不能产生IL-12，不能产生第二信号。
部分无能细胞易发生凋亡，而被克隆清除；部分克隆无能淋巴细胞仍能长期存活，在IL-2提供下，可进行克隆增殖，进行免疫应答，导致自身疾病。
自身应答B细胞也以类似原因，呈免疫耐受状态。无能B细胞寿命较短，易由FasL+ Th细胞诱导表达Fas，而导致细胞凋亡，克隆清除。故B细胞耐受持续较短。
3、免疫调节细胞作用。
主要为CD4+CD25+Foxp3+的Treg细胞，其具有负调节作用。经细胞间的直接接触，抑制CD4+和CD8+T细胞的免疫应答。
4、细胞因子作用。
