复旦大学研究生院成立于1984年11月6日，上海医科大学研究生院成立于1985年1月25日，均为我国恢复研究生教育制度后，全国首批建立的22所研究生院之一。2000年4月复旦大学与上海医科大学合并组建成新的复旦大学，研究生院也合并成新的复旦大学研究生院，由此形成了文、史、哲、法、经济及理、工、医、管理等学科专业门类齐全的综合性研究生培养格局。
全校有人文、法学、新闻、经济、管理、生命科学、医学、技术科学与工程、信息科学与工程等18个学院，并设有69个系、65个研究所、91个研究中心，形成了较为完整的教育、科研体系。全校共有148个硕士学位授权点、103个博士学位授权点，还可授予工商管理、法律、行政管理、电子科学与工程、计算机技术、临床医学及公共卫生七个专业硕士学位及临床医学专业博士学位。全校共有22个博士后流动站、40个国家重点学科、5个国家重点实验室，为高层次人才的培养提供了有利的条件。
学校拥有一支高水平的师资队伍。在2000多位教师中，教授、副教授1300余人；全校现有在职研究生指导教师1750人，其中，博士生导师近570人，中国科学院院士16人、中国工程院院士6人。
“复旦复旦旦复旦，巍巍学府文章焕”。以学术为本的复旦大学，尤其重视高层次人才－－研究生的培养。自1978年恢复研究生招生以来，复旦大学共招收研究生24851人，其中博士生5911人，硕士生18940人；已授予博士学位3561人，硕士学位13917人。目前在校研究生达9400人。
复旦大学研究生教育始终以“研究生培养质量”为核心，并致力于营造完善的成才机制和浓厚的学术氛围。在校研究生除积极参加所在教研室或学科专业的科研课题研究以及各类社会实践活动外，还组队参加各种学术交流和竞赛，并多次获奖，在其中得到磨炼并发挥才干，成为学校科研工作中一支重要生力军。
在校研究生可以通过多种渠道获得经济资助：30多种校级研究生奖学金，每年奖学金总额高达180多万元；学校拨出专款试行的研究生“助教、助研、助管”三助工程；各院系设立的专项奖学金；政府拨款与学校自筹资金相结合的困难补助基金；学校协助办理的商业助学贷款等等。学校还致力为研究生提供便利的生活设施和宜人的居住环境，一个大型的研究生公寓群已于2001年9月投入使用。在复旦大学毕业的研究生中，有14人被授予“有突出贡献的中国博士、硕士学位获得者”称号，并有22人先后在四届全国百篇优秀博士学位论文评选获奖。复旦大学毕业研究生正以其深厚的知识素养、突出的实践能力和积极的创新精神，受到用人单位的广泛赞赏和接受。
