中国农业大学食品科学与营养工程学院由原北京农业大学食品科学系和原北京农业工程大学食品工程系于1995年合并而成，2002年7月前学院一直分东西两个教学科研区，2002年7月实现实质性融合，学院全部迁往中国农业大学东校区，并更名为中国农业大学食品科学与营养工程学院。
学院下设四个系和七个研究中心（重点实验室），四个系分别是：食品科学与工程系、食品生物技术系和营养与食品安全系、葡萄酒学院；七个中心（重点实验室）分别是：农业部农产品质量监督检验检测中心（北京）、农业部转基因生物食用安全监督检验检测中心（北京）、教育部、北京市（共建）功能乳品重点实验室、教育部果蔬加工工程研究中心、葡萄与葡萄酒研究中心、中日农产品加工研究中心、食品技术服务中心。学院现有14000平米的实验办公大楼，除各教授实验室外，还有可容纳500人的报告厅、多媒体会议室、资料室、开放实验室等硬件设备。
学院共有110名教职工，其中教师87人，包括教授26人、副教授39人，正副教授占教师人数75%，教师中有英国、法国、日本、以色列、荷兰、美国等国和国内培养的博士63人，占教师人数72%。
学院拥有食品科学和工程一级学科博士学位授予点，设有6个二级学科博士学位授予点和7个硕士点。食品科学与工程在“2003年全国一级学科整体水平评估”中排名第一，农产品贮藏与加工工程为国家级重点学科和农业部重点学科，食品科学为北京市重点学科。现有博士后流动站1个，企业博士后工作站4个，此外，全国高等农业院校食品学院（系）院长（主任）联谊会、中国农学会农产品加工与贮藏分会、中国农业工程学会农产品加工与贮藏分会、中国园艺学会园艺产品采后技术分会和葡萄酒分会均挂靠在我院。
学院现在已形成了本科生教育、研究生教育为一体的综合性教育体系，研究领域涉及畜水产品加工理论与技术，果蔬产品加工、贮运、保鲜理论与技术，粮油食品加工理论与技术，现代农产品加工技术、装备和品质检测技术，天然生物活性成分的分离与应用技术，功能食品和新食品资源开发，现代农产品流通理论与产业发展战略；转基因食品的理论方法、检测技术和安全性研究；食品微生物学、发酵工程、食品活性成分的分离技术、生物反应器技术；葡萄的栽培和葡萄酒酿造技术；果蔬食品的采后生理与分子生物学；食品化学、食品营养学和食品安全与质量控制等。学院的宗旨就是立足于解决中国农业、农民和农村的实际需要，倡导多学科之间的融合，为我国农产品的加工业和食品业培养优秀的人才、提供先进的理论和技术。
学院现招收食品科学专业、粮食、油脂与植物蛋白工程专业、农产品加工及贮藏工程专业、食品生物技术专业、营养与食品安全专业的工学博士生、硕博连读生和硕士生；招收水产品加工专业工学博士生和硕博连读生及营养与食品卫生学专业医学硕士生。招收生物工程（食品生物工程方向、葡萄与葡萄酒方向）、食品科学与工程、食品质量与安全专业本科生。现在校研究生人数451名，其中硕士309名，博士142名，本科生800名。另外学院现有专业学位研究生（工程硕士、农业推广硕士）150人左右。
学院承担着“十一五”国家科技支撑计划、国家“863”计划、国家自然基金、农业部“948”引进项目、教育部新世纪优秀人才培养计划、国家科技部、教育部、农业部等资助的科研项目。另外还承担着企业、部门之间的横向课题和多项国际合作科研项目。
学院在多年的发展过程中，与许多国内外知名企业和院校形成了良好的合作与交流关系。学院与中粮集团、汇源集团、今麦郎、爱普公司、雨润集团、蒙牛集团、伊利集团，雀巢、卡夫、联合利华、美国普渡大学、美国加利佛尼亚大学戴维斯分校、日本食品综合研究所、日本国际农林水产业研究中心、荷兰瓦赫宁根大学等保持着经常而广泛的交流与合作。
