东台市疾病预防控制中心是依据东台市机构编制委员会（东市编[2002]54号），在撤销东台市卫生防疫站和东台市皮肤病防治院的基础上，于2002年8月新组建的具有独立法人资格的副科级全民事业单位。中心主要承担全市的疾病预防与控制、突发公共卫生事件处理、疫情收集与报告、卫生监测检验和评价、健康教育和健康促进、业务指导和技术培训等相关服务职能和疾病控制职能相适应的疾病诊治工作。
东台市疾病预防控制中心卫生防病大厦征地面积6800平方米，建筑面积近7000平方米。坐落于东台市繁华的金海东路19号.中心核定编制116人，现有职工116人，其中本科学历30人，大专学历19人，大专以上学历占职工总数的42%；有卫生技术人员91人(其中检验人员16人)，正、副主任医师10人，主管医(技)师39人，中级职称以上人员占技术人员总数的54%；内设11个职能科室，分别是：政秘科、计划财务科、科教科（质量管理办公室、健康教育所）、急性传染病防治科、慢性传染病防治科、性病艾滋病麻风病防治科（性病监测中心）、慢性非传染病防治科、卫生监测科、检验科、皮肤病性病门诊部、预防医学综合门诊部。
中心自2002年8月组建以来，坚持科学发展观，内强素质，外树形象，在抗击非典、预防人禽流感等突发公共卫生事件的处置上恪尽职守，奋力拼搏，为保护人民健康，充分履行了卫生防病工作职能，发挥了人民健康卫士的主力军作用。
东台市疾病预防控制中心,在东台市卫生局的领导下，疾病控制和两个文明建设取得了优异的成绩，多次被东台市政府表彰为文明单位，被盐城市卫生局表彰为卫生防病和皮肤病防治先进集体；多年来注重人才培养和科技创新，每年有10多篇论文在省级以上杂志上发表，参加多项省级科研课题，并培养出111、135工程人才各一名，形成了良好的人才梯队，今后将进一步发扬成绩，开拓创新，与时俱进，为东台市疾病预防控制事业再作新的贡献。
非典斗士钟南山教授为东台疾控题名。
2008-2009年东台市疾控中心圆满完成国家级戊肝项目
