厌氧性细菌(anaerobic bacteria)是一大群种类繁多、专性厌氧，必须在无氧环境中才能生长的细菌。厌氧菌广泛分布于自然界和人及动物的体内。无芽胞厌氧菌主要存在于人体及动物体内，特别是肠道、口腔、止呼吸道和泌尿道等处，与需氧菌和兼性厌氧菌共同构成机体的正常菌群。在正常菌群中厌氧菌通常占有绝对的优势。正常情况下，菌群保护相对平衡，如长期应用广谱抗生素、激素、免疫抑制剂等，发生菌群失调，或机体抵抗力减退，则可导致内源性厌氧菌感染。
厌氧性细菌 anaerobic bacteria 指在无氧条件下生活的细菌。为好氧性细菌的对应词。其中，在氧存在下不能生长的细菌，特称为专性厌氧菌，如梭菌、甲烷菌、硫酸盐还原菌以及大部分光合细菌。与此相反，无论有氧状态还是无氧状态都能生长发育的细菌，则称它为兼性厌氧细菌。专性厌氧菌除通过发酵，光合作用获得能量外，有的能把硫酸盐那种的无机氧化物作为末端电子受体而加以利用。据认为，在专性厌氧菌中，通过发酵获得能量的一般都缺少细胞色素或过氧化氢酶，氧对生长，其所以有害，是由于缺少超氧化物不均化酶和过氧化氢酶，而对由黄素系氧化酶的作用而产生的有害的超氧化物或过氧化氢不能分解所致。在土壤中与好氧菌共存时，在有通透空气的地方也可发现有厌氧菌的存在。在兼性厌氧菌中，很多是像大肠杆菌那样，有氧存在时是借助呼吸，氧不存在时是借助发酵来获得能量的。但也有的像乳酸菌那样，即使有氧存在，主要也是借助发酵来获得能量。因而即使是兼性厌氧菌，其中也包括从在有氧条件下生长十分良好的直到无氧条件下生长十分良好的各种各样的情况。
重要的厌氧菌
一、芽胞菌
梭状芽胞菌属（clostridium）
二、无芽胞菌
（一）革兰氏阳性球菌
1 消化球菌属（peptococcus）
2 消化链球菌属（peptostreptococcus）
（二）革兰氏阴性球菌
韦荣氏球菌属（veillonella）
（三）革兰氏阴性无芽胞杆菌
1 类杆菌属（bacteroides）
2 梭形杆菌属（fusobacterium）
（四）革兰氏阳性无芽胞杆菌
1 双歧杆菌属（bifidobacterium）
2 乳杆菌属（lactobacillus）
3 真杆菌属（eubacteriun）
4 丙酸杆菌属（propionibacterium）
