计算机系始建于1996年，1997年计算机科学与技术专业（本科）开始招生，现有计算机科学与技术（师范类）、信息管理与信息系统（非师范类）和信息工程三个本科专业。
计算机系现任领导有系总支书记王幼川（政工师）、系主任陈蕴（教授）、系副书记方强（副教授）。
计算机系有党总支委员会，下设教工党支部和学生党支部；有计算机原理、计算机软件、信息管理教研室和实验室4个教学单位；成立了计算机应用研究所一个。共有教职工43人，专业教师31人，其中博士1人（南京大学）、硕士（含在读）2３人；具有高级职称教师5人，中级职称21人，拥有现代化（微机室、网络、单片机等）教学实验室8个，计算机应用科研实验室，包括图象处理与模式识别实验室、IPv6网络实验室两个，其中"IPv6网络实验室"是在北京交通大学技术指导下建成，属省内一流，技术国内领先，设备总额达500万元。
计算机系承担的教学和科研任务主要有：1、计算机科学与技术专业、信息管理与信息系统专业的教学、实验、科研和管理任务；2、承担全院计算机基础教育；3、开展计算机应用等方面的研究；4、每年4次的（国家、省）计算机等级考试。
计算机系重视向重点院校学习，加强与重点大学的联系和交流，成立了南京大学生物电子研究所阜阳师范学院分所，并向省教育厅申报了重点科研项目。在积极推进教学手段与教学方法改革的同时，提出了"科研项目带科研、科研成果促教学"的思路，鼓励教师积极参与教研、科研，同时要求教师以教研室为单位进行集体备课、集体听课和集体研讨，切实提高教学水平。
