海印寺始创建于公元1928年前后，开始时是一所纯为女众佛教徒修道及学佛的道场，为本国早期著名商人陈芳岁先生献出寺地，并由陈夫人，杨铜荷氏发起创办并捐资兴建。杨居士是一位热心的三宝弟子，具有慈悲心怀，且有愍老恤孤的热肠，经常慷慨解囊，帮助孤苦老弱及贫苦无依的不幸人士，深得当地人士的爱戴。其初创海印寺的时候，更得各方人士热心支持，终至建成宏伟的道场。
海印寺在初创时，只有茅屋数椽，供住众挡风遮雨而已。经杨居士的领导及数位同道们不辞辛劳的努力下，在勤修佛法之馀，务农躬耕，名声方始渐渐远播。
嗣后来寺学佛及住寺清修者日渐增多，原有的茅屋已不敷应用，幸得新加坡龙山寺住持瑞等老和尚落力资助，乃于1937至38八年间，僻建一座大雄宝殿，并于1939年全部完工，并请当时书法大师徐悲鸿亲书海印寺制扁，成为新加坡地方首创妇女专修道场。住众一度达到六十馀位，皆是持戒清修的净众。寺内的住众，每天除早晚课诵及日常事务外，也在闲暇时间为当地一群适龄儿童教授启蒙和初级的课程，兼及学习家政和缝纫手艺，深得各方人士嘉许。
1941年，日本南侵狮城时，当地受难灾民多避居寺中，人数竟逾百馀位，幸得英军的照顾，才免于受难及饥饿之苦。42年初，日本军占领了新加坡，其时人心惶惶，寺中的生活更形紧张，后得日本军官来寺观察，知悉海印寺实为一所妇孺清修的梵刹，即谕令日军加以保护，并拨给粮食资助，使海印寺得暂安居，直至1945年光复为止，此实乃三宝加庇之恩。
至1992年，当时的监院车木耳优婆夷有鉴於优婆夷日渐减少，寺内住众日渐老去，遂礼请现任住持传谊法师接手负责日常寺务，并将寺院逐渐发展成僧伽道场，以继续弘扬佛陀教法。
经过了时光的流失及无常岁月的洗礼，寺内的建筑也变得斑驳残旧，毁坏不堪，传谊法师遂开始计划重建海印寺，於1997年重建香积堂及斋堂，是年底竣工；98年恭请了中长老主持奠基典礼，动工重建大雄宝殿，并於功德堂原址建一三层楼建筑，一楼为功德堂，二楼为普门阁及三楼觉皇殿，於99年底全部完工落成，并易寺名为海印古寺。
在传谊法师的领导下，开始了新的弘法事业，
於千禧年始，礼请真目法师担任院长一职，兴办了海印寺佛学院，学院分心觉成人班、心苗儿童班及心智少年班，人数共逾百人。於每星期天上午九时至下午五时，学生於此上课、静坐及学习礼仪等；藉此接引更多人士来学习佛陀教法，期望佛法能够在新加坡更加发扬光大。
在学院成立后，逐渐觉得场地不敷应用，逐计划於寺内尚存的一片空地上再兴建一座四层楼建筑，以供学院应用。并於2004年竣工、启用，定名“印修楼”，兹纪念本寺开山印修姑太，同时开办晚间课程，使本寺成为附近居民学佛及修持的道场。
