病原微生物是指可以侵犯人体，引起感染甚至传染病的微生物，或称病原体。
病原体中，以细菌和病毒的危害性最大。
病原体侵入人体后，人体就是病原体生存的场所，医学上称为病原体的宿主。
病原体在宿主中进行生长繁殖、释放毒性物质等引起机体不同程度的病理变化，这一过程称为感染。不过人体或动物不像人工培养细菌的培养基，可以让病菌不受限制地肆意生长繁殖，轻易地导致机体死亡。病原体入侵人体后，在发生感染的同时，能激发人体免疫系统产生一系列免疫应答与之对抗，这称之为免疫。
感染和免疫是一对矛盾，其结局如何，根据病原体和宿主两方面力量强弱而定。如果宿主足够强壮，可以根本不形成感染；即使形成了感染，病原体也多半会逐渐消亡，于是患者康复；如果宿主很虚弱而病原体很凶猛，则感染扩散，病人将会死亡。
除了宿主自身的力量，有效的抗菌药物和其它措施的协同作用也是必不可少的，在多种因素的共同作用下，大多数疾病是可以很快治好的。依靠不断发展的科学进步，总是能够不断控制和消灭有害人类和动物的微生物。
有研究表明[1]，浇灌粪肥的蔬菜会被病原微生物污染，距离施肥时间越近，蔬菜表面大肠菌群数量越多，用自来水浸泡、冲洗等方法对去除蔬菜表面的大肠菌群有一定效果，其中以冲洗效果最佳。此外，最好的杀灭蔬菜病原菌的方法是沸水浸泡。
