α-螺旋(α-helix)
蛋白质中常见的一种二级结构,肽链主链绕假想的中心轴盘绕成螺旋状,一般都是右手螺旋结构,螺旋是靠链内氢键维持的。每个氨基酸残基(第n个)的羰基氧与多肽链C端方向的第3个残基(第n+3个)的酰胺氮形成氢键。在典型的右手α-螺旋结构中,螺距为0.54nm,每一圈含有3.6个氨基酸残基,每个残基沿着螺旋的长轴上升0.15nm。
α-螺旋结构的主要特征为:①肽链以螺旋状盘卷前进,每圈螺旋由3.6个氨基酸构成,螺圈间距(螺距)为5.44埃;②螺旋结构被规则排布的氢键所稳定,氢键排布的方式是:每个氨基酸残基的N—H与其氨基侧相间三个氨基酸残基的C=O形成氢键。这样构成的由一个氢键闭合的环,包含13个原子。因此,α-螺旋常被准确地表示为3.613螺旋。螺旋的盘绕方式一般有右手旋转和左手旋转,在蛋白质分子中实际存在的是右手螺旋。
α-螺旋的偶极距和帽化
α-螺旋中所有氢键都沿螺旋轴指向同一方向。每一肽键都有由N-H和C=O的极性产生的偶极距。
所谓帽化就是给末端裸露的N-H和C=O提供仅见配偶体(partner),并折叠蛋白质的其他部分以促成与末端的非极性残基的疏水作用。