道教宗元于三洞，以三洞为三元，道教的基本信仰和经教体系无不宗元于此，是道教的根本宗元。
三洞宗元，是以“三元”为宇宙混沌之始。称“一分为三元，三元变化三气，三气变生三才，三才既滋，万物斯备”。然“三洞之元，本同道气，道气惟一，应用分三”。这是《云笈七签》对三洞宗元的基本论述。概括来说，“道”气衍化为三元，三元分别是，第一混洞太无元；第二赤混太无元；第三冥寂玄通元。由三元变化为三气，三气分别是始、元、玄三气，再由三气化生万物。其造化开辟的过程是，混沌之前，元气之始也。元气运行，而后天地始立。再由始、元、玄三气化生万物。在《道德经》中则说：道生一，一生二，二生三，三生万物。
三洞宗元作为“道”化万物的信仰宗元，还有其更重要的一面，就是三元即三宝君。第一天宝君，从混洞太无元化生；第二灵宝君，从赤混太无元化生；第三神宝君，从冥寂玄通元化生。三宝君分别治于三清境，故三宝又称三清。天宝君治在玉清境，即清微天，其气始青；灵宝君治在上清境，即禹余天，其气元黄；神宝君治在太清境，即大赤天，其气玄白。而三元皆本同道气，所以，三宝君的名号虽殊，却本同于一。
三宝君、三清，道教全称玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清道德天尊(太上老君)。为道教最高尊神，乃神明之宗，造化之祖。同时还是经教之教主，为道教传下了三洞三十六部真经。《道教三洞宗元》说：天宝君说十二部经，为洞真教主；灵宝君说十二部经，为洞玄教主；神宝君说十二部经，为洞神教主。三洞合成三十六部尊经。三洞经又各有垂教的对象，以合乎学道修道的品级。开始人道修学之人，始入仙阶，登无累境，故初教以洞神神宝经。其次智渐精胜，既进中境，故中教以洞玄灵宝经。最后即登上境，智用无滞，故上教以洞真天宝经。其目的都是通过经教文化，诱俗修仙，从凡证道。故后世《道藏》的编纂，就是以“三洞四辅”来分例的，并构建起了以“三洞宗元”为信仰的经教体系。
