1969年出生于三重县上野市，原名堀井良彦，京都大学工学部电气学科毕业，在学期间的1990年曾于"小说现代"增刊号发表短篇作品《西伯利亚急行向西》，同年再于"苍鸦城"(京大推研会杂志)发表中篇小说《Messiah》(Messiah=弥赛亚)，这部作品更于1991年大幅改稿为长篇，并获得岛田庄司的推荐而易名为《有翼的闇-Mercator鲇 最后的事件》(Mercator=麦卡托)于讲谈社发表，从而进军新本格作家行列。1992年，再发表比《有翼的闇》更具争议性的《夏与冬的奏呜曲》，此后的作品如1995年的《痾》及1997年的《鸦》也是非常前卫的推理长篇，另外，也有较为传统的本格作品如1996年的《恰巧的雨》。
麻耶雄嵩在《有翼的闇》中表现的主要创作理念，是要打破传统本格推理的核心，也便是全面的否定"必须给读者一个公平、合乎理论性的解谜答案"这个观点的，而他在《夏与冬的奏呜曲》中则更进一步，要从头彻尾的破坏固有的推理小说型式和规条，从而建立一套完全没有束缚、自由开放的崭新一代推理小说。由于这种对传统推理观念挑战的缘故，因此麻耶雄嵩一方面遭受保守派读者所猛烈批评，但另一方面却也为不少对传统推理早已厌倦的读者所接受及欢迎。
