宗教学的分支体系是在各个时期从不同角度对宗教进行研究探索的过程中逐渐形成的。但各家学说体系并不完全一致。当代宗教学大体有下列各个分支：
基础学科 就产生的先后来说，先是出现比较宗教学，后为宗教史学，最后又出现宗教现象学。1、比较宗教学。早在宗教学正式形成之前便已出现。当初只不过是对各种不同的宗教进行比较，研究者大都着眼于论证自己信奉的宗教优于其他宗教。18世纪法国耶稣会士拉菲托则常被推崇为近代比较宗教学的倡导者，而称色诺芬尼为比较宗教学的先驱。拉菲托曾对北美印第安人的宗教、希腊－罗马宗教和基督教的一些习俗和观念作了较详细的对比研究。19世纪后期以来，比较宗教学渐成为宗教学的分支学科之一，并同宗教史学、宗教现象学紧密结合，对二者的各种发现进行比较研究。也有人认为，比较宗教学和宗教现象学二者学科内涵重叠，而主张将比较宗教学纳入宗教现象学的。2、宗教史学。在近代宗教学的产生过程中形成。对各种宗教的历史进行记述和考证由来已久，但对宗教这一社会现象的起源和历史发展进行研究并探索其规律，则在近代才逐渐展开。宗教史学已成为宗教学的核心学科。但学术界对这门学科任务的认识尚不一致;有人认为,应将各不同宗教视为独特的历史现象来进行单独考察，避免把一切宗教都勉强纳入预先设定的“共同本性”。亦有人认为：虽然预先作出缺乏事实根据的设想是不科学的，但宗教史学既要研究各个宗教实体的历史，也需要从各种宗教的历史发展中总结出共同的、带根本性、规律性的东西来。3、宗教现象学。这个学科形成较晚，各家之间的意见分歧也较多。有人认为，本学科的着眼点应放在各种宗教中的类似现象上，如神灵观念、祈祷、祭司等；并应将它们从各个具体历史境域中离析出来，按范畴而不是按历史来进行综合研究；主要研究与宗教现象有关的意义和内部构造，不必追问它们之间在时间上的先后和因果关系。也有人认为，宗教现象学必须同宗教史学密切结合。因为在不同的历史境域中，许多互相类似的现象虽在形式上似乎属于同一范畴，实际内容可能差别很大。目前学者们大都认为宗教现象学不是一种规范的而是记述的研究。研究的方法可划分为:(a)采取科学与常识相通的自然态度;(b)本质直观;(c)形象直观。宗教现象学的研究受到其他现象学如胡塞尔的哲学现象学，黑格尔的《精神现象学》等影响很大。现代宗教现象学的内容和对象与宗教民族学已难于区别。此外，也有一些学者将宗教哲学列入基础学科。
应用学科 宗教与社会生活各方面都有一定关系，任何制度的国家，都存在着如何认识和对待宗教的问题。它促使人们除对宗教的各项根本规律进行研究外，还在这种研究的基础上也对各项有关的现实问题进行研究，提供咨询和服务。这样的研究，构成宗教学的各项应用
学科。
应用学科在不同社会结构和不同国家中，研究的课题不尽相同,通常大致有“宗教与民族关系”、“宗教与国际关系”、“宗教政策研究”等学科。有些国家还有“教会与国家”、“世俗法与宗教法”、“各教关系”，以至“宗教与妇女问题”、“宗教与和平问题”等。
宗教学的基础学科和应用学科的任务分工和着眼角度固然有一定的区别，但互相之间存在密切的关系。应用学科常需向基础学科寻求基础理论的指导，同时又不断通过应用而验证有关理论的正确性，并发现其不足之处。基础学科也从应用学科的成就中得到启发而不断扩大眼界，并促使自己不断地深化和发展。
边缘学科 宗教学同各种其他学科具有多重边缘关系，并在宗教学与其他有关学科之间形成了不少边缘学科,大致可分为:①工具学科。主要有宗教语言学、宗教考古学、宗教社会调查等；②经验学科。主要有宗教社会学、宗教民俗学、宗教心理学等。目前这些学科已发展为宗教学的重要学科；③艺术学科。主要有宗教文学、宗教剧、宗教音乐、宗教美术、宗教建筑等。
