行政执行署成立于2000年1月1日，隶属中华民国行政院法务部之下，是一个独立机关。
行政执行署下设台北行政执行处、板桥行政执行处、桃园行政执行处、新竹行政执行处、台中行政执行处、彰化行政执行处、嘉义行政执行处、台南行政执行处、高雄行政执行处、屏东行政执行处、宜兰行政执行处与花莲行政执行处，均于2001年1月1日成立，其后因绩效卓著，复于2006年1月1日增设士林行政执行处。以上13个行政执行处中，台北、士林、板桥、桃园、台中、嘉义、高雄等7佪处，是属于案件较多之"第一类处"，另6处，为"第二类处"。
在未设行政执行处之县市，另设行政执行官办公室，如台北行政执行处下辖金门行政执行官办公室、士林行政执行处下辖连江行政执行官办公室、新竹行政执行处下设苗栗行政执行官办公室、彰化行政执行处下设南投行政执行官办公室、嘉义行政执行处有云林行政官办公室、高雄行政执行处下辖澎湖行政执行官办公室、宜兰行政执行处设有基隆行政执行官办公室，花莲行政执行处则下辖台东行政执行官办公室。
辖区的界限上，原则是以县市完整划分，在士林行政执行处成立之前，台北县全域是由板桥行政执行处承办，在士林行政执行处成立后，配合法院辖区而进行调整，瑞芳生活圈的瑞芳镇、双溪乡、贡寮乡、平溪乡，及邻近基隆的金山乡、万里乡，均划入宜兰行政执行处，大台北南区的坪林乡、石碇乡、乌来乡、新店市、深坑乡则由台北行政执行处负责，北海岸的石门乡、三芝乡、淡水镇、八里乡，邻近内湖的汐止市，则划入士林行政执行处辖区，板桥行政执行处的辖区，大致位于新店溪、淡水河以西的精华地区。
在行政执行署、处成立之前，人民积欠的公法上债权，系分属不同承办单位催讨，积欠关税、国税、县市税的案件，由法院的财务执行处承办，积欠全民健保费、劳工保险费，则由法院的民事执行处催讨，至於一般行政机关之行政处罚、规费案件，则几乎没有移送执行。行政执行机关，便是集中办理所有"公法上金钱给付义务"案件，这种设计，也是全球首例。
行政执行机关成立的时机，正遇到中华民国经济发展瓶颈时期，厂商外移、经济疲弱，国库拮据，行政执行机关的执行成果，挹注了国库，同时也一点一滴重建法律秩序，可以说，从行政执行机关受理的案件，可窥得中华民国人民，要从法治初期的紊乱时代脱胎换骨进入法治中期所面临的困难与挣扎。
行政执行署首任署长：林云虎（现任）
台北行政执行处 首任处长：蔡日升第二任处长：杨秀美第三任处长：丁树兰（现任）
士林行政执行处 首任处长：曾瑞庆（现任）
板桥行政执行处 首任处长：丁树兰（主任行政执行官李蕙如曾短暂代理） 第二任处长：李清友（现任）
桃园行政执行处 首任处长：李清友 现任处长：李松德
新竹行政执行处 首任处长：施清火 第二任处长：曾瑞庆 现任处长：刘清景
台中行政执行处 首任处长：萧志锋 第二任处长：赖哲雄 第三任处长：周颖宏（现任）（行政执行官陈背珍曾短暂代理）
彰化行政执行处 首任处长：赖哲雄 第二任处长：施清火（现任）
嘉义行政执行处 首任处长：刘钦铭 第二任处长：周颖宏 第三任处长：林圳义（现任）
台南行政执行处 首任处长：杨秀美 第二任处长：邱云昌（现任）
高雄行政执行处 首任处长：陈顺昌（现任）（主任行政执行官张铭珠曾短暂代理）
屏东行政执行处 首任处长：罗正平（现任）
宜兰行政执行处 首任处长：周颖宏 第二任处长：唐先恒（代理一年） 第三任处长：曾瑞庆（代理一年） 第四任处长：林圳义 第五任处长：唐先恒（现任）
花莲行政执行处 首任处长：唐先恒（代理一年） 第二任处长：曾瑞庆（代理一年） 第三任处长：唐先恒（代理一年，真除后一年又九个月） 第四任处长：刘仁明（现任）
