计算机学院是在1980年设立的计算机专业的基础上发展起来的。1980年9月开始面向全国招收了第一批计算机应用专业本科生，1981年开始招收计算机应用技术硕士研究生。1984年5月设立的电子计算机系。2000年7月，为适应信息学科快速发展的需要，成立计算机学院。2001年7月，经浙江省教育厅批准，以计算机学院为依托，成立浙江省省属高校第一家软件学院。2002年7月软件学院独立建制。2004年10月，计算机学院与软件学院合并，组成新的计算机学院。
1993年获得计算机应用技术专业硕士学位授予权，1998年获得计算机软件与理论专业硕士学位授予权，2005年获得计算机科学与技术一级学科硕士学位授予权和二级学科计算机系统结构硕士学位授予权，2003年学院获得计算机技术、软件工程两个领域的工程硕士学位授予权。2000年计算机应用技术成为省重点学科，计算机软件与理论成为信息产业部重点学科，2004年计算机科学与工程成为浙江省重点学科（A类）。
经过28年的建设与发展，目前学院已拥有计算机科学与技术（1980年）、教育技术学（2001年）、软件工程（2003年）、网络工程（2004年）、数字媒体技术（2005年）等五个本科专业，拥有计算机科学与技术一级学科硕士学位点（2005年）和计算机应用技术（1993年）、计算机软件与理论（1998年）、计算机系统结构（2005年）三个二级学科硕士学位点。
目前学院已经形成了一支结构合理、具有较高学术水平与研究能力的学科梯队，现有教职工140余人，其中博士生导师3人、教授23人、副教授40人、具有博士学位教师51人、硕士学位教师53人。学院拥有共享院士1人（杭州电子科技大学计算机学院名誉院长），浙江省高等学校“钱江高级人才”（特聘教授）1人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”2人，教育部“优秀青年教师资助计划”1人，浙江省“151人才工程”一层次3人，浙江省“151人才工程”三层次8人，浙江省中青年学科带头人4人，浙江省省高校中青年学科带头人重点资助3人，浙江省教学名师1人、浙江省优秀教育工作者1人。学院现有本科生2400余人、研究生300余人。
学院拥有信息产业部计算机应用技术重点实验室、浙江省嵌入式技术联合重点实验室、财政专项资助的虚拟现实实验室、网络教育技术实验室和电子政务实验室，参与建设省部共建的检测仪表与自动化系统集成技术教育部工程研究中心，并与美国SavaJe公司合作成立TD-SCDMA研发中心等。学院拥有国家级计算机实验教学示范中心和浙江省计算机基础课实验教学示范中心，该中心已成为一个具有坚实的学科基础、先进的实验教学体系、一流环境的实验实训教学基地和工程创新能力培育基地。积极开展教育教学改革工作，近年来获得国家教学成果二等奖3项、浙江省教学成果一等奖5项、国家级精品课程1门。这些实验基地的建设与发展为学院的科学研究、技术开发及人才培养创造了良好的条件。
目前学院在嵌入式系统体系结构及应用技术方向、计算智能与网络安全方向、图形图像与虚拟现实技术方向、服务计算与系统集成方向等四个主要研究方向上形成自己的特色和优势，近五年来主持和承担了一批国家自然科学基金、国家“863”项目、“973”子课题、军事电子预研基金、电子信息产业发展基金、国防重点实验室基金和浙江省重大科技专项等项目，研究成果获国家技术发明奖二等奖1项，浙江省政府科学技术奖一等奖1项，二等奖2项，三等奖8项，国家发明专利5项，在国内外重要刊物和会议上发表论文533篇，其中三大收录124篇，出版专著6部。这些研究成果为我国信息产业的发展和浙江省经济建设做出应有贡献。
学院在加大实验室与校内实习基地建设力度的同时，非常重视校外实习基地建设。在长期的合作过程中，逐步建立起浙江托普软件公司、杭州大自然实业有限公司、浙江数码港软件有限公司、中国计算机软件服务杭州公司、信息产业部电子52所、东忠软件有限公司、杭州新利电子有限公司、信雅达软件公司、深圳长亮科技等30余个工程设计训练基地。
学院注重开展广泛的学术交流，与德国Fraunhofer IMK媒体研究所、德国安哈特应用工程技术大学、爱尔兰都柏林城市大学、北京大学、浙江大学、香港城市大学、香港科技大学、西北大学等科研院所、著名高校建立了良好的合作关系，承办多次国际学术会议和国内学术会议，在学生交流、学术交流、联合办学等方面取得良好的成果。
