后水尾天皇（1596年6月29日－1680年9月11日），是后阳成天皇第三皇子，母亲为女御近卫前子。名叫政仁，于1611年接受后阳成天皇的让位。原本后阳成天皇有意将位置让给他自己的弟弟八条宫智仁亲王，因此后水尾天皇与其父之间关系并不和睦。
后阳成天皇的让位是出于德川家康的意思，由于幕府初建，需要朝廷的权威做为后盾，而朝廷则需要幕府的金钱援助，只好屈从幕府威势下。1619年，后水尾天皇因为宠爱的女官已生下一子一女的事被传到当时将军德川秀忠那里，引起秀忠强烈不满。1620年，由于朝廷迫于对德川家金援的需要，天皇不得不迎娶秀忠之女德川和子入宫。
宽永四年(1627年)，发生紫衣事件，朝廷为了财政，事先未同幕府商量，允许大德寺和妙心寺僧侣数十人穿紫衣。但是幕府制定僧侣之诸出世法度、京都大德寺及妙心寺之紫衣敕许无效。让朝廷很没面子；宽永六年(1629年)，将军德川家光竟然派他的乳母春日局前往面见天皇，由于春日局无官无位却前往面见天皇（春日局的义兄是朝廷公卿三条西实条，而且春日局的父亲是明智光秀的部下斋藤利三，前任丈夫是大名稻叶正成），被天皇认为是奇耻大辱，觉得幕府没有把他的权威放在眼里。于是在同一年，愤怒的天皇无预警让位给才只有七岁不到的皇女兴子内亲王，是为明正天皇。这是为了显示幕府想以自己的外孙继承皇位的野心。
后水尾天皇退位后，仍以太上天皇身份摄政，另外也致力于和歌与佛道。于1680年过世，葬于月轮陵。
后水尾这谥号，是来自平安时代的清和天皇，清和天皇别号水尾帝。当时他的即位，是藤原氏强迫出来的，而且他更是日本史上第一位幼帝。亦以此讥讽德川氏为藤原氏。
