中华人民共和国兰州海关于1989年9月28日经国务院批准正式成立，是直属海关总署领导的正厅级海关。建关之初的监管区域包括甘肃省、青海省、宁夏回族自治区“二省一区”。随着银川海关于1997年11月成立，西宁海关于1998年10月成立，我关的关区变为甘肃一省。现行机构设置有办公室、审单技术处、综合业务处、稽查处、人事教育处、财务处、监察审计室、现场业务处、机关服务中心等9个处级机构和缉私局1个副厅（局）级机构。全关共有在职干部职工142人。兰州海关地址:兰州市安宁区银安路9号，邮编:730070，总机：0931-7705000。
2003年3月18日设立外派机构——兰州海关驻天水监管组（正科级），隶属现场业务处，授权办理天水市、平凉市、庆阳市和陇南市的部分海关业务。兰州海关驻天水监管组办公地点位于天水市建设路8号，邮编：741000，电话：0938-6812328。
2004年5月25日，经国务院批准设立酒泉海关（正处级隶属关）。2007年10月26日，酒泉海关揭牌开关，负责办理酒泉市、嘉峪关市、张掖市三市企事业单位进出口海关通关业务。酒泉海关办公地点位于酒泉市新城区富康路33号，邮编700730，总机电话：0937-2672345。
建关以来，在海关总署的直接领导下，兰州海关依靠甘肃省委、省政府的大力支持，正确行使国家赋予的权力，认真履行“把关服务”职能，依据《中华人民共和国海关法》及其他法律、法规，认真办理进出口企业管理、减免税审批、加工贸易合同备案、转关运输监管等业务；对甘肃省国有大中型企业、外贸专业公司、工贸公司、三资企业进出境运输工具、货物、物品进行监管，严格税收征管，确保税款及时入库；大力开展查缉走私；积极发挥海关统计的预警、服务职能；配合国家西部大开发的实施，深化通关作业改革，大力推进和实施以风险管理为核心的现代海关制度第二步发展战略，整顿和规范进出口贸易秩序，各项业务有了长足的发展,为促进甘肃省经济社会发展做出了应有的贡献。同时，兰州海关认真落实科学治关理念，以准军事化海关纪律部队建设为统领，大力加强干部队伍建设和廉政建设，正确处理改革发展与稳定的关系，较好地完成了各项工作任务，全关各项工作逐步走向正规化，保持了积极向上的发展势头，兰州海关连续多年被评为省级精神文明行业。
兰州海关领导班子团结务实，开拓进取，队伍建设成效显著，具有良好的精神面貌。兰州海关积极响应中央、国务院关于西部大开发的伟大号召，全面加强准军事化海关纪律部队建设和把关服务能力建设，以促进地方经济发展为己任，充分发挥职能作用，文明把关、高效服务，采取多种有效措施，不断提高通关效率，主动置身于甘肃经济社会发展的进程中，积极支持和促进甘肃省外向型经济发展和对外科技、文化交流，为甘肃省开发开放和外向型经济发展做出了积极贡献。
迈入21世纪，兰州海关坚持以邓小平理论和按照“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻海关工作16字方针和队伍建设12字要求，深化业务改革，大力加强业务、队伍和廉政建设，监管业务量大幅增长：2006年监管进出口货物74.19万吨；货物总值15亿美元，比2005年增长46%；两税入库13.09亿元，比2005年增长102 %；加工贸易合同备案金额1.29亿美元;实际减免税款7.64亿元；监管进出境人员8430人次。2007年关区监管进出境货物99.31万吨；货物总值22.94亿美元，比2006年增长53%；全年两税入库22.11亿元，比2006年增长69%，税收质量列西部前列；加工贸易合同备案金额1.64亿美元;全年减免税4.01亿元；验放进出境人员10255人次，比2006年增长21.6%。随着甘肃省外向型经济的进一步发展，海关业务量必将有更大的增长，兰州海关必将为西部大开发和甘肃经济社会的又好有快发展做出更大的贡献。
现任领导兰州海关党组书记、关长：盛占省(原南京海关副关长2007年9月升任) 原关长韩森任西安市委常委、副市长
党组成员、副关长兼缉私局局长：张冀平分管缉私局、稽查处、现场业务处
党组成员、副关长：王学全分管综合业务处、财务处、机关服务中心
党组成员、纪检组长：武书明分管监审室、审单技术处、人事教育处政工工作、海关学会
