昆明海关的前身为蒙自海关，于1889年成立。1910年滇越铁路通车至云南府（昆明），蒙自海关在云南府设立分关。1932年1月1日，蒙自关税务司移驻云南府分关办公，蒙自关仍保留总关名义。1942年2月4日，蒙自、腾越两关合并，成立昆明海关。
云南解放后，1951年，昆明海关、腾冲海关合并，仍称昆明海关。1980年，昆明海关升格为局级关，直属海关总署，实行垂直领导体制，改名为中华人民共和国昆明海关。目前总关内设15个局、处（室）和机关服务中心及2个派驻机构，并代管总署昆明教育培训基地和瑞丽缉毒犬基地。下属海关机构与云南的对外开放相适应，共有21个隶属海关和9个海关缉私分局，分别设在中缅、中老、中越4061公里的国境线上和部分内陆开放地区。全关区共有干部职工1300余人，其中海关缉私干警250余名。
现任领导张治洲昆明海关党组书记、关长（正厅局级）
男，1955年3月出生，白族，云南大理人，中共党员，大学本科学历，现任昆明海关党组书记、关长，二级关务监督。1973年参加工作， 先后在部队、昆明海关工作；1990年11月以来先后任昆明海关调查处处长，昆明海关党组成员、副关长；2004年8月起任昆明海关党组书记、关长。
负责昆明海关全面工作。
任德富昆明海关党组成员、副关长兼政治部主任（副厅局级）
男，1949年3月出生，汉族，河南济源人，中共党员，专科学历，现任昆明海关党组成员、副关长兼政治部主任，二级关务监督。1965年参加工作，先后在部队、昆明海关工作；1995年6月以来先后任昆明海关人事教育处处长、党组纪检组组长、党组成员；年3月起任昆明海关党组成员、副关长兼政治部主任。
分管政治部(人教处、政工办、机关党委、工会)和海关学会。
薛屹昆明海关党组成员、副关长（副厅局级）
男，1957年9月出生，汉族，江苏武进人，中共党员，硕士研究生学历，现任昆明海关党组成员、副关长，二级关务监督。1976年参加工作，先后在北京海关、驻署纪检组、监察局、昆明海关工作；2001年1月月起任中央纪委、监察部驻海关总署纪检组、监察局副局长、副局级纪律检查员；2005年5月起任昆明海关党组成员、副关长。
分管监通处、审单处、技术处。
李立源昆明海关党组成员、副关长（副厅局级）
男，1962年12月出生，汉族，江苏南京人，中共党员，大学本科学历，现任昆明海关党组成员、副关长，三级关务监督。1982年在昆明海关参加工作；1998年8月以来先后任大理海关关长，现场业务处处长，昆明机场海关关长；2004年3月起任昆明海关党组成员、副关长。
分管关税处、财务处、机关服务中心（含海关总署昆明教育培训基地）、昆明机场海关。
邱刚毅昆明海关党组成员、副关长兼缉私局局长（副厅局级）
男，1957年12月出生，汉族，山东高密人，中共党员，专科学历，现任昆明海关党组成员、副关长兼缉私局局长，二级警监。1976年参加工作；先后在厦门海关、昆明海关工作；1996年6月以来先后任昆明海关调查局副局长，缉私局局长；2004年4月起任昆明海关党组成员、副关长兼缉私局局长。
分管缉私局。
黄亚珊昆明海关党组成员、党组纪检组组长（副厅局级）
男，1954年10月出生，壮族，广西平果人，中共党员，专科学历，现任昆明海关党组成员、党组纪检组组长，三级关务监督。1972年参加工作，先后在部队、南宁海关、昆明海关工作；2000年12月以来先后任南宁海关所属贵港海关关长，南宁海关党组纪检组副组长兼监察室主任；2004年12月起任昆明海关党组成员、党组纪检组组长。
分管监察室、督察内审处。
何子敬昆明海关党组成员、副关长（副厅局级）
男，1961年9月出生，汉族，广东中山人，中共党员，大学本科学历，现任昆明海关党组成员、副关长，三级关务监督。1983年参加工作，先后在部队、昆明海关工作；1998年6月以来先后任大理海关副关长，昆明海关人事教育处处长；2005年5月起任昆明海关党组成员、副关长。
分管法规处、统计处、现场业务处，办公室（外事办）。
冯铁奇昆明海关党组成员、副关长（副厅局级）
男，1950年12月出生，汉族，浙江绍兴人，中共党员，专科学历，现任昆明海关党组成员、副关长，二级关务监督。1969年参加工作；2002年8月起任昆明海关调查局局长；2005年8月起任昆明海关党组成员、副关长。
分管风险管理处、稽查处。
