人要吃饭，熊猫要吃竹子，庄稼要施肥。因为这些生物需要从外界取得进行生命活动的原料和燃料。用生物学家的话来说，生物为了生命活动而从外界获取需要的物质的过程就是营养。营养是生物的基本功能。微生物是有生命的物体，营养同样是其进行生命活动的基础。微生物需要的营养和人对营养的需要没有本质的区别，但可以提供给微生物作食物的东西可要比人或动物能够利用的食物种类多得多。微生物需要的营养要素可分为六大类，即碳源、氮源、能源、无机盐、生长因子和水。碳源
人要吃米饭、馒头或面包，这些食品的主要成分在化学上叫做碳水化合物，因为这些化合物的分子中含有比较多的碳元素，所以叫做碳源。它也是微生物食物中的一种主要口粮，因为微生物细胞中的许多成分都是由碳元素构成的，同时碳源又为微生物提供能量，供它们运动和进行各项生命活动。能被各种微生物利用的碳源种类极其多样，从简单的无机含碳化合物如二氧化碳、碳酸盐等到比较复杂的有机物（糖类、醇类、酸类等），更为复杂的有机大分子如蛋白质、核酸等，都能被微生物作为碳源分解利用，甚至连石油以及对一般生物有毒的腈化合物、二甲苯、酚等也能被一些微生物用作碳源。微生物学家曾用过90多种碳源喂养一种叫做洋葱伯克雷尔德氏菌（Burkholderia cepacia）的细菌，发现它不仅能利用葡萄糖、果糖，还可以利用不少有机酸，甚至可以利用石炭酸（苯酚）和对人和动物有剧毒的腐胺、精胺和色胺等尸体腐败后产生的化合物。不过有的微生物所能利用的碳源种类极其有限，例如甲基营养细菌只能利用简单的有机化合物甲醇和甲烷作为碳源。
氮源
人需要吃肉或喝牛奶，其中主要是含有蛋白质，蛋白质由氨基酸组成，氨基酸里面含有较多的氮元素，所以这类营养叫做氮源。微生物能利用的氮源种类也比人或植物要多，动植物能利用的氮源微生物都能利用，而一般植物和动物不能利用的空气中的氮气，微生物也能利用。氮源给微生物提供生长繁殖时合成原生质和细胞其它细胞结构的原材料。缺少氮源微生物就难以生长，就象长期缺少蛋白质营养的儿童长不了个一样。氮源一般不是作为微生物的能源。但是有些细菌，例如硝化细菌能利用铵盐、亚硝酸盐作为氮源和能源。
能源
能源是提供微生物生命活动所需能量的物质。例如太阳光的光能就是许多可以进行光合作用的细菌的直接能源。自然界中的不少物质，如葡萄糖、淀粉等，既可作为碳源，又可作为能源；蛋白质对于某些微生物来说，是具有碳源、氮源和能源三种功能的营养源。至于空气中的氮气，则只能提供氮源，而阳光仅提供能源。
无机盐
人需要吃盐、补钙，庄稼需要用草木灰补充钾。象高等生物一样，微生物的生命活动中，除了需要碳源、氮源和能源之外，还需要其它元素，例如硫、磷、钠、钾、镁、钙、铁等元素，还需要某些微量的金属元素，诸如钴、锌、钼、镍、钨、铜等。上述元素大多是以盐的形式来提供给微生物的，因此称它们为无机盐或矿质营养。这些无机盐是组成生命物质的必要成分，或是维持正常生命活动必需的，有些则是用于促进或抑制某些物质的产生。
无机元素（除碳、氮源外）的来源和功能
元素
人为提供形式
生理功能
大量元素
P
KH2PO4、K2HPO4
核酸、磷酸和辅酶的成分
S
MgSO4
含硫氨基酸（半胱氨酸、甲硫氨酸等）和含硫维生素（生物素、硫胺素等）的成分
K
KH2PO4、K2HPO4
某些酶（果糖激酶、磷酸丙酮酸转磷酸酶等）的辅因子；维持电位差和渗透压
Na
NaCl
维持渗透压；某些细菌和蓝细菌所需
Ca
Ca（NO3）2、CaCl2
某些胞外酶的稳定剂、蛋白酶等的辅因子；细菌形成芽孢和某些真菌形成孢子所需
Mg
MgSO4
固氮酶等的辅因子；叶绿素等的成分
Fe
FeSO4
细胞色素的成分；合成叶绿素、白喉毒素和氧高铁血红素所需
微量元素
Mn
MnSO4
超氧化物歧化酶、氨肽酶和L-阿拉伯糖异构酶等的辅因子
Cu
CuSO4
氧化酶、酪氨酸酶的辅因子
Co
CoSO4
维生素B12复合物的成分；肽酶的辅因子
Zn
ZnSO4
碱性磷酸酶以及多种脱氢酶、肽酶和脱羧酶的辅因子
Mo
（NH4）6MO7O24
固氮酶和同化型及异化型硝酸盐还原酶的成分
生长因子
人和动物需要维生素，许多微生物也需要维生素。维生素是微生物自身不能合成的微量有机物质，它们对微生物生命活动也是不可缺少的。例如酵母菌和乳酸细菌必需由外界提供才能够生长或生长良好。有些微生物，例如大肠杆菌、多数真菌和放线菌能够自行合成生长因子，不需要从外界获得。还有些微生物能产生过量的生长因子，因此可以利用它们来生产维生素+，例如人们常常需要补充的维生素B2（核黄素）就是利用一种酵母菌生产的。微生物需要的生长因子，它们的作用及含有该类因子的原料
生长因子
作用
含有原料
维生素B1（硫胺素）
作为脱羧酶的辅酶
米糠、麦芽、酵母菌体、大豆
维生素B2（核黄素）
作为氢和电子的传递体
小麦、玉米浆
维生素B6（吡哆醇）
作为脱羧酶和转氨酶的辅酶
青霉菌菌丝、酵母菌体、米糠、小麦、玉米和玉米浆
烟酰胺
作为氢的传递体
青霉菌菌丝、小麦、肝脏、大豆、甜菜、酵母浸出物
泛酸
作为酰基的传递体
甜菜糖蜜、青霉菌菌丝、玉米浆、糖蜜酵母浸出物、棉子饼粉
维生素B12
异构酶、脱氢酶和甲基化霉的辅酶
肝脏、菌丝体、肉类和青储饲料
叶酸
作为甲基传递体
青霉菌菌丝、菠菜、肝脏
生物素
作为CO2的传递体（转羧基）
玉米浆、青霉菌菌丝
α-硫辛酸
作为氧化脱羧酶的辅酶
酵母浸出物、肝脏
肌醇
多数酵母菌的生长因子
玉米浆、糖蜜、棉子饼粉和酒糟
胆碱
甲基供体和参与脂代谢
啤酒花、大豆、蛋黄、酒糟
血红素
电子传递体
血液
水
同一切生物一样，微生物的营养中不可缺少水。水是微生物细胞的主要化学组成之一。生命活动基本上是通过一系列化学反应实现的，这些化学反应绝大多数是在水中进行的。细胞内外物质的交换，通常也是溶解在水中进行的；水还可以维持生命大分子例如核酸、蛋白质的分子结构稳定性；水还可以参与体内的化学反应例如水解、水合反应等。
