两种药物实际上差不多的疗效，只是金霉素对病毒性的疗效要好些。
两种药物的眼膏治疗范围基本相同，主要用于依原体和支原体感染。对细菌的作用由于临床耐药菌的产生已经基本不用于针对细菌感染的治疗。两种药物都没有抗病毒作用。
金霉素用于消炎效果较佳，而红霉素用于化脓效果较好！金霉素眼膏具有很强的抗菌消炎作用，因此，消炎祛痘用金霉素比较好！比如，红眼睛、 角膜炎、烂口角、皮肤干裂、偷针眼、疖肿等均可使用。
红霉素眼膏为大环内酯类抗生素，作用机制是抑制细菌蛋白质合成，对革兰阳性细菌和沙眼衣原体有抗菌作用。一般用于沙眼、结膜炎、角膜炎、眼睑缘炎及眼外部感染。
