当平常的时候，按下ACTION键，主角SNAKE便会使出拳蹴攻击敌人，而且连续按三次，他就会使出三段连续攻击。若要主角作出爬梯子或按动电梯等动作，也是按下此键。另外还可作诱敌之用，主角贴墙站立时，按下此键主角会做出敲打墙壁的动作，从而引起附近敌人的注意，这时SNAKE便可乘机从另一面逃走了。
遇到阻碍时的解决方法：
对付士兵：
1.投技(主要分为两种)
A.一本背负投(方向键+□)
这投技主要令敌人出现晕眩状态，以使主角逃走，但此技不能将敌人置于死地。
B.颈锁(近敌背后连按□键)
1.可将敌人杀死，近敌时才可使用，注意不可加方向键，否则会误出一本背负。由于硬直时间较长，最好在没被敌人发现时使用。
2.拳蹴攻击(○键)
与一本背负相同，只会使敌人晕眩。
3.武器攻击(装备武器后按□键)
游戏设有三十种武器，玩者请结合武器攻击效果和特性灵活使用。
4.使用纸皮箱
使用纸皮箱固然很有趣，但要注意以下几点
a.被一名士兵多次发现，会事情败露；b.被敌人或闭路电视发现你在移动，就一定失败。c.在货物附近使用的话，成功的机会也会增加。(敌人会误以为也是一件货物)
对付闭路电视：
1.尽量走到闭路电视之下
闭路电视垂直以下的地方就是它的盲点，善加利用。
2.使用CHAFF GRENADE
利用电子干扰手榴弹可令闭路电视在短时间内失效，但主角的雷达也会同时失效。
水坑：
如果发现地上有一些反光的地方，那可能就是水坑了。如果误踏入，就会发出声响引来敌人，除了避开还可蹲下后慢慢爬过去。
完美潜入计划·第一回
地图标识:可得道具(以星号表示)
1.)Ration
2.)Chaff Grenade
3.)Stun Grenade
4.)Soccm Gun/Bullet
5.)Thermal Goggle
6.)C4 Bomb
7.)Grenade
8.)FA-MAS Gun/Bullet
9.)Card Box.A
10.)Mine Detector
11.)Socom Suppresser
12.)NIKITA Missle Launcher
13.)Claymore Bomb
Ⅳ。?：需要一定等级通行卡才能开启的门
第一章 潜入搬运码头
Solid Snake从水路潜入到敌军的搬运码头。一上岸他便收到指挥官Roy Campbell的讯息，他告诉Snake可以利用码头内的升降机进入直升机场，另外他还告诉Snake可以利用Select键开动无线电发讯机来保持联络，Roy Campbell的接收频率是140.85。而每当画面显示CALL(同时也会有音效)时，即是表示有讯息给Snake，这时同样只要按Select键便可以接收。
由于这里的敌人并不多(开始只有两个，当升降机降下后另一个便会出现)，故要避开他们的耳目并不困难。要注意不要踏到水滩上，否则会引起敌人的注意。在这版图上有三箱干粮(Ration)，但由于只能携带两箱，所以 有需要的话便先使用其中一箱吧。当Snake在这儿走了一会后，第三名敌人便会乘升降机下来，避过他(或干掉他)后便可利用该升降机到下一关卡。
另外，若被敌人发现的话，逃到水中是一个十分不错的方法，在水中的操作方法和平时的并无不同，但需留意这时是有一个氧气量的，跌至零时便会开始扣去体力，所以不要逗留在水中太久哦!
第二章 直升机场
乘着升降机，Snake便到达了直升机场。一到达时又接到指挥官的讯息，这次Campbell给Snake介绍了Mei Ling及Naomi,Mei Ling的专长是处理通信及影像处理，故Snake可以和她通话，藉以记下当时的情景(也即是储存进度)，而她的通信频率是140.96。Naomi就长于遗传学工程方面，而她对FOX HOUND一众的认识亦不浅，所以在对付各大小头目时，她都可以给予一些有用的提示。她的通信频率和指挥官Campbell一样是140.85，可能是身在同一地方吧。
然后美铃会给Snake讲解，介绍一下在画面右上角的雷达地图，但我相信不用小的赘述，大家已经很清楚其中的用法了。
Snake先从地图的下方出发，经过直升机的升降地方，逃避过探射灯而取得CHAFF.G，中取SOCOM手枪。逃过守卫及闭路电视的视线，闪到右上的阶梯，然后走至走廊中央，这时又收到Campbell的讯息，原来这处是可以利用地下的排气槽潜入战车格纳库的。
进入了这排气槽，Snake又收到一个讯息，这个讯息是由Master所送来的，他告诉Snake他长于认识环境及动植物资料，若以后有些有关问题可以找他，他的通讯频率是141.80。再往前走，Snade进一步窥探到格纳库的情形，然后又听见两名守卫在对话，原来DARPA局长现在身处地下一层的牢房中，而除了他自己以外，还有其他人潜入了这儿，而其中一个倒霉的女入侵者也被锁进牢房中。当到达排气槽另一面出口时，Campbell又有讯息，告诉Snake只要按下行动键(○键)便可以离开那儿。
第三章 战车格纳库
经过长长的排气槽，Snake终于到达了战车格纳库。但由于Snake现时身上并没有任何通行证件，所以大部份的门都不能打开。而在地图右方的房间，在那里可以找到Thermal Goggle，这东东日后可以用来探测热能，以避过红外线探测器的侦测。绕过上面的长廊，沿着左方的阶梯走下去便可以到下层去，但要小心阶梯前的监视摄影机，另外还要看清楚阶梯之下有无守卫正在迎面而来。当平安到了下层时便可以利用地图左上方的升降机走至下一层-B1F的牢房去。但是要小心一点，因为在按动了机键后还是需要等升降机来，在这时仍需打醒十二分精神，免给敌人看见。
第四章 牢房
当到达B1F，Snake又收到Mei Ling的提示，原来DARPA局长就是在雷达中绿色点点的房间中。因为这时这里并没有敌人，所以可以大胆的到处观察环境，但是门都是上锁了的，而唯一的可行通道则是利用地图右下方的阶梯(按下○键便可)爬上这里的通风槽，走到槽内左上方的窗口调查一下，Snake便会由通风槽跳下至局长的房间。DARPA局长起初还以为Snake是敌人，当明白Snake的来意后之后他才安心下来。他告诉Snake核搭载步行战车-Metal Gear的事。另外因为恐怖组织将会试爆核弹，虽然发射需要局长和Baker的密码才可以，但是FOX HOUNK中的Mantis懂得读心术，故局长认为密码早已给他们知道。唯今可以阻止的办法便是找出持有PAL锁匙的人，因为这锁匙可以停止那个系统运作，从而直接停止核弹发射。当然，寻找及救出Baker也是当务之急。但是在谈话时，局长突然病发身亡，而在他身故之前，他送了一张Lv.1的通行卡给Snake。Snake接下了之后，便想找办法逃出牢房。
突然间Snake听见门外有点怪声音，然后门便自动打开了。一出门口，Snake便被一个敌军用枪指着头，但在言谈间Snake觉得他是新手兼认错他是Liquid，经过一阵对峙大批敌军窜了进来，当然，他们便立即将他们消灭，但小心一点因为弹数可能不足够，而敌人数目不少，所以请先准备好干粮补充体力。在战斗途中敌人会扔出手榴弹，这时只需走到升降机内便可轻易避过。经过一轮厮杀，终于把敌人除掉，而那奇怪的“新丁”也离开了这儿，但奇怪地FOX HOUNK的Mantis却突然出现，使Snake的一部分记忆突然倒流。然后Snake再搜索一下现场，补充一下道具后才到升降机，之后去下一层-B2F。
第五章 武器库
Snake终于进入了武器库，顾名思义，这里当然是放置武器的地方。虽然这时还没有敌人站岗，但是这里的地上却布了陷阱，所以要小心不要站在陷阱上哦。Sanke利用那Lv.1的通行卡打开了其中一些门，在那儿找到一些C4爆弹。大家可留意到某些墙的颜色有点与别不同嘛?(地图上以爆炸光表示)只要在那里装上C4爆弹，离开“有效范围”后按行动键(○键)便可将其炸开。补充足够物资，将右下方炸开后便可以到隐藏的武器库南方去。
由于这里有电波干扰，所以雷达失灵，幸好地方也不是很大，只要用心一点便不会迷路。Snake将一些墙炸掉及搜刮完毕之后，便走到地图正中上方去。原来Baker正在那儿，但他被FOX HOUND的Ocelot所挟持着，还被绑上C4爆弹。跟着Ocelot便开始拿起他的枪，和Snake开始战斗。要小心他的子弹是会碰到墙壁后反弹而击中Snake的，要提防这一点。击倒他的方法有两个：第一种方法是游击战，一边追着他走，当他射出一定弹数而要上弹时便是最好的反击时机，但要注意不要意图或企图在对角位射Ocelot因为这样只会射中Baker，而如果Baker死去的话，游戏也会Game Over的。第二个方法就是利用C4爆弹，当他走至一定地方时(他多数会在Snake的对角位置)便将那C4引爆，但是要注意的就是如果将C4安放得和中间位置太近的话，很可能会令Baker身边的C4也同样引爆……打倒Ocelot后，突然间，有个影子走出来并将Ocelot的右手削去!!同时亦引爆了Baker身后的C4……原来他穿了光迷彩衣，经科学方法使得有强化骨骼，没有名字的忍者，他在那儿怒吼完后便匆匆离开。
Baker告诉Snake，他经过严型拷问还没将密码吐出，而PAL锁匙原来已经交给了指挥官的侄女-原来就是当时在牢房的女子，亦即是那“新丁”，而原来那女的亦带有无线电发讯机，可惜Baker已经忘掉了她的通信频率，但他说在“包装”上是可以找到她的频率的。Baker然后将存有核子资料的光碟和Lv.2的通行卡交给Snake后便突然语无伦次，跟着突然死亡了。
爆炸光：可炸开的墙
第六章 溪谷
为了找出挥官的侄女Meryl，便去找“包装”来找出她的通信频率。原来他所指的“包装”就是我们大家手持的游戏包装。大家可以看一下游戏盒底，原来她的通讯频率就在那儿(顺手一提：请支持原装正版!)如果找不着的话，(为什么会找不着呢?嘻嘻……)只要找指挥官谈话多次，发讯器便会自动出现她的频率(140.15)。跟她谈过一番话之后，Snake便会问她有没有办法进入核废料库，因为她持有Lv.5的通行卡，所以可以替Snake打开战车格纳库1F在升降机旁的出口。由于其中需要一点时间，所以Snake可以趁这时去打开之前不能打开的房间(详见之前的地图)，找一些道具回来(其中包括Card Box.A、Socom Suppresser及Mine Detector)。再等一会便收到Meryl的讯息，告诉Snake门已经打开了，但是要非常小心因为那通道是充满红外线侦测器的，所以一定要先戴上Thermal Goggle(若之前没有拿取的话，现在就没有办法拿，因为门已经关上了……取而代之，用香烟也可以看到那些红外线，唯有屈就一下吧!)避过那堆红外线，然后便可以用Lv.2通行卡打开大闸。
出到溪谷，只见白雪茫茫，突然间Snake收到一个不知名的讯息，告诉Snake这里埋有不少地雷。只要利用Mine Detector便可以见到它们，而如果趴着走的话，更可以将它们收集。再向前多走两步，前面突然驶出一辆坦克车来，原来是由FOX HOUND的Vulcan Raven所驶来的。Snake敏捷地避过第一炮之后，战斗便立即开始。一开始时紧记不要向前走，因为是会有大炮等着Snake来的，故应先躲在大石之后，等战车来到(看着雷达吧!)再行动。图上都放着不少手榴弹(Grenade)，只要把它掷向战车上那人便可，而要小心的就是除了要避过机枪的扫射外，在走近坦克车时是可能被坦克辗过而被扣去体力的，打倒它之后，Snake从那Gunner身上找到了Lv.3的通行卡，但Vulcan Raven仍然在坦克中，没有受伤……
游戏可得道具表(由开始截至本攻略第六章)
物品英文简称 功用 最初得到地方
SCOPE 可两倍变焦的望远镜 游戏开始
CIGARET 香烟发出的烟雾可看见红外线探测器的探测位置 游戏开始
RATION 用以补充体力 搬运码头
THERM.G. 用以侦测红外线探测器的探测位置 战车格纳库
CARD 用以开启特定的门，等级代表可以开启门的级数 牢房
C.BOX 用以隐藏自己，但在某些地方会失败 战车格纳库上层房间(Lv2)
MINE.D 可以利用它来侦测埋在地上的地雷 战车格纳库上层房间(Lv2)
SUPPR 使SOCOM枪的声音消去 战车格纳库上层房间(Lv1)
游戏可得武器表(由开始截至本攻略第六章)
物品英文简称 功用 最初得到地方
CHAFF.G 使电子机器暂时失灵(包括自己的雷达) 直升机场
STUN.G 使敌人暂时失明 直升机场
SOCOM 手枪，只要三发便可干掉一名普通守卫 直升机场货车内/牢房
C4 摇控炸弹，一般用以炸开墙壁 武器库
FA-MAS 比SOCOM更强的自动步枪，有连发功能 武器库
GRENADE 手榴弹，会于投出后5秒间爆炸 武器库
CLAYMORE 地雷，若使用MINE.D的话则可蹲在地上收回 溪谷
NIKITA 遥控导弹，可控制其移动，碰到墙或人即爆 武器库
完美潜入计划·第二回
上地图标识:
1.Ration
2.Chaff Grenade
3.Stun Grenade
4.Socom Bullet
5.C4 Bomb
6.Grenade
7.FA-MAS Bullet
8.NIKITA Missile/Launcher
9.Card Box.B
10.Claymore Bomb
11.PSG-1 Rifle
12.PSG-1 Bullet
13.Stinger Launcher/Missile
14.Gas Mask
15.Canera
16.Diazepam
17.Night Vision Goggle
18.Body Armor*
19.Rope
20.Medicine
21.Item Box
*：如之前没有取得Thermal Goggle，则会以Thermal Goggle代替Body Armor
lv.?：需要一定等级通行证才能开启的门
第七章 核保存栋
在溪谷和坦克车激烈的战斗完毕后，Snake凭着那坦克车操纵员身上搜得的Lv.3通行卡，进入了核保存栋的1F。(进入前可先折返回武器库中取得NIKITA MISSILE LAUNCHER及MISSILE，但由于此道具将于不久后便可得手，所以要拿取与否留给阁下决定了)趴下身子爬入了内部之后，Snake便会收到指挥官的讯息。指挥官Campbell告诉Snake，由于他现正身处核废料的保存区域，如果随便使用枪械的话，很容易会令到核废料有所反应而引至爆炸，所以在这儿绝对不可以使用枪械来攻击敌人。另外，由于这儿的危险性较高，守卫所以也较为严密。如果万一给敌人发现了的话，保存栋中便会立即放出毒气，这时便要兼顾毒气及敌人的攻击……所以在这里千万不可被敌人发现哦!当走至上层的电梯口时，又收到指挥官的讯息，指示Snake要尽快到B2F去营救Otakon博士，当然，Snake便立即遵照指示乘升降机至B2F。
当升降机一到达B2F，Snake便进入了对面唯一可进入的房间。Snake正想前进时，发现到那儿充满了高压电流，使他无法前进。在这时，神秘人又来电告诉Sanke只要利用NIKITA导弹将电源供应装置炸掉便可以使走廊上的电流中止，继续前进。如果刚才已经在武器库中取得NIKITA LAUNCHER的话，这时便可以立即使用。(控制方面基本上只要方向键或Analog控制杆便可以，如果仍觉得难以控制的话，可以按△以飞弹的视点来控制。)如果之前没有取到，或者不幸将全部导弹用尽的话，也不用走回武器库那么远……事实上只要走到核保存栋的B1F升降机对面大厅中，右面的Lv.3房间中便可以找到NIKITA LAUNCHER和MISSILE。成功将配电装置炸毁后，Snake便继续前进。
第八章 研究室
虽然能够成功地炸掉配电装置，使得地上的高压电流停下来，但是可恶的毒气仍然存在。Snake沿着那原本充满电流的走廊，在其中一个房间中找到GASMASK，那就是防毒面具了，如果将它戴上的话，在毒气的房间中(就以这里为例)那02计的减少便会慢了下来(注意，并不是停止，只是慢了下来!)。另外要小心的，就是藏在各个阴暗角落的GUN CAMERA，他们不时都会给Snake射出一枪呢。经过一轮搜刮之后，Snake便向右方出发。经过两间有电波干扰的房间后(那里半个敌人也没有，请放心前进吧)，Snake便到了研究室后走廊上。
在走廊上，Snake发现不少摊在地上的尸体。而在前方突然发出掺叫，原来刚刚又有另一名军士被杀了。Snake看见如此状况便觉得不对劲，于是便立即赶上前去看一看。打开了那已经坏掉的Lv.4门，Snake见到Cyborg忍者(大家还记得那个将Ocelot的手砍掉那人吗?就是他了!)正在逼向另一名受害者，于是便立即上前阻止，就这样，Snake和Cyborg忍者的战斗便开始了。在这战斗中，基本上武器是不能损害到Cyborg忍者的，所以还是干脆使用拳脚吧。战斗可大概分为四个阶段：在开始时只要用拳脚打他便可，当他的体力被扣得一定程度时便会开始使用他的迷彩衣将自已隐形和Snake捉迷藏，这时Snake可使用Thermal Goggle(热能探测镜)将他找出来再慢慢打，如果以前忘了拿的话也不用怕，因为如果Snake找不着他的话，他也会不耐烦的走出来给Snake打的。而当体力又扣至另一个特定数时，Cyborg忍者便会停止隐身，然后在Snake的身旁闪来闪去，这时Snake只要待他闪完的时候攻击便可以轻易取胜。在他的体力下降至零时，他便会到处闪来闪去，利用他的超能力将文具飞起来攻击Snake，这时可以先等他将旁边的东东飞完之后才走去攻击，或者直截了当的向他射数枪便可以了。将Cyborg忍者打发了之后。Otakon博士便自行从用以藏身的柜中走出来并向Snake道谢，然后和Snake讲解过一些有关核弹和Metal Gear Rex的事情之后，便将Lv.4的通行卡给予Snake。
第九章 所长室
当Snake和博士谈话时，Snake便和Meryl联络，叫她保护Otakon博士和有关人物。但是这时Meryl却差点被敌军认出，她唯有立即再扮成敌军的样子。然后Snake便继续前进，想办法和她会合。但是由于她是乔装成敌军的，所以要找着她便要从众敌军中认她出来。基本上，找出她方法有三个：第一个方法就是凭外表了，女孩子始终是女孩子，身裁总是隐藏不了的，留心一下“下盘”位置便不难分辨；第二是凭声音，一般敌军被扼、摔或者打时的声音相信大家都很熟悉吧，如果听到的是一个女的声音的话，那个便一定是Meryl了；第三是上厕所，由于Meryl是女的，所以他决不会进入男厕，如果Snake成功在男厕中杀掉了两名敌军，所剩下没有去的就一定是她。当Snake故意出现在Meryl面前时，她便立即跑进女厕中，Snake二话不说，也就跟了进去(各位大小朋友切勿模仿!否则后果自负!)。他们闭聊了一会后，Meryl便将Lv.5的通行卡交予Snake，然后叫Snake继续任务。当一出女厕门口，他们听到奇怪的歌声，为了追查歌声的来源，他们便往北方的门口走去。
Check Point:女孩子不是好欺负的哦……
这时因为Meryl已经成为了伙伴，所以她会在大厅的门前等候Snake。而如果Snake误打中(或者故意打……)她时，她便会对Snake穷追不舍，就如Snake欠了她百几万一样……当她(捉)到Snake时便会给Snake一记耳光，别以为伏下来可以了事哦，她毫不怜悯的一脚踏到Snake的头上……但是，只是稍为嬉戏一下好了，如果误将她杀掉是会立即Game Over的。
一到达了门口附近，Meryl的头突然感到一阵剧痛，Snake也觉得有问题。再进入里面的所长室闭逛一会之后，Meryl突然叫了一声，然后竟然用枪指着Snake，并问了Snake究竟喜不喜欢她(借醉行凶?!)。然后Snake在Meryl身后看到一个人影……这时指挥官便传来讯息，叫Snake不要对她使用武器，然后Naomi告诉Snake，Meryl原来正被FOX HOUND的Psycho Mantis的音乐洗脑，所以神智不清。Snake唯有先将Meryl摔倒，就在这时，Psycho Mantis便现了身，并表明了身份，然后便开始战斗了，由于他会使读心术，并且会控制你的手掣移动(这是他自己说的)，所以一般攻击对他起不了作用。但是他会控制的只是1P位置的手掣，如果将手制驳至2P位置时，他便不能读到Snake的攻击而被击中。基本上，战斗可分为两种：一，他会现身并利用身边的东东作为飞行道具来攻击，这时只要走到他跟前打他便可，而他的攻击大都可以伏下避过；第二种为隐身后突然弹出并放出隐形的能量球，这时Snake只需利用热能探测镜便可看到他的踪影，只要跟着他的影攻击便可。其间他会唤醒Meryl，叫她杀掉Snake甚至自杀，但是Snake只要将她摔昏了便可继续下去。
Check Point:Psycho Mantis的厉害读心术!!
大家可有留意到Psycho Mantis和Snake在战斗前的对话呢?大家或者都可能觉得有点儿怪怪的，因为他竟然会提及心跳回忆、恶魔城等等的经历!原来这是和大家的记忆卡有关的，如果大家在记忆卡中存有一些KONAMI的游戏的save时，Psycho Mantis便会看到那些档读出你的“过去”，如果那记忆卡中只得Metal Gear Solid的记忆时，他就会说找不到任何save而不能读出你的心，更会说你为人做事谨慎呢!
第十章 洞窟
正所谓人之将死，其言也善在Psycho Mantis临死之前，他将往后的通路和他自己的过去都告诉了Snake，又说了在Meryl的心目中，Snake占着很重要的地位……然后他们两人都依着Psycho Mantis的话，往书架后面的隐藏路径走去。在隐藏路的出口原来是个洞窟，是群狼狗居住的地方。Meryl自己先走了上去，Snake当然要从后跟上了。因为在前面的路都比较昏暗，如果看不清的话，大可以使用夜视镜(N.V.G.)来辅助视力，那东西之前在核保存库的B1F的左下方一个房间可找到。经过兜兜转转，钻过大大小小的洞后就和Meryl会合了，她还和狼狗们相处得非常融洽呢，可怜Snake之前还被狗群追着来咬……
第十一章 地下通路
进入了洞窟尽头的入口，Snake和Meryl到达了往通信大楼的地下通路。Meryl告诉Snake这儿布了地雷，但是由于雷达受到干扰而不能使用地雷探测器，所以要跟着她的行走路线来走，如果怕追不上或者害怕走歪而被炸的话，可以利用热能探测器来找出地雷的所在。当Snake追上Meryl之后，他见到有一个红色的点点在Meryl的身上游走，Snake心知不妙，便立即叫Meryl伏下来，可惜话未说完，Meryl便已经身中多枪倒在地上了。Snake想立即上前营救，可惜一上前便被敌人截击，而且身上并没有可以对付敌人的武器，唯有利用发讯机询问指挥官等人。
经过询问后，才知道原来那敌人正是FOX HOUND的天才女狙击手Sniper Wolf。而在武器库南部中藏有PSG-1狙击枪，只有使用它才可有效地攻击她，于是Snake立即赶回武器库去拿PSG-1。回程途中要小心因为在溪谷的地雷都已重新铺设过，柱子上也装上了GUN CAMERA，要全部避过可要一番功夫。到达武器库时，原来放着PSG-1的房间是有红外线探测的，但由于侦测线太多，要全部避过的话，倒不如一次冲过去然后避过敌人。而在回程时，可别忘了在洞窟中取得额外的PSG-1弹药哦。再回到地下通路时已不见了Meryl的踪迹，怎样也好，敌人始终要对付的。大家可以先找一个适当的位置，然后伏下且面向前方，然后才祭出PSG-1，这样可以较快找出Sniper Wolf的位置。而在使用PSG-1时，由于心跳和手震的关系，瞄准会有一定的困难，但如果先吃下一颗DIAZEPAM的话便可以大幅减少震动。只要射中几枪便可将Sniper Wolf暂时打发走。
第十二间 医疗室
当然，打发了Sniper Wolf后，Snake当然还是要继续前进啦。当他一走近地下通路东北的门前时，突然被Sniper Wolf及她的手下重重包围……就这样，Snake就被活生生的捉到医疗室去。当Snake一觉醒来时，发觉自己被缚(锁?)着动弹不得，而在他面前的就是Liquid Snake。Liquid命令部下要在十个小时后发射核弹，以及一些锁碎的事便离去了，跟着Ocelot便开始使用电力装置，严刑拷问Snake有关PAL键的下落。这时候，Ocelot便告诉Snake，在电流下如会削减体力，当体力减至零时就会Game Over并且不能Continue，而在电流期间连打○键就可以回复体力(连打速度的要求甚低，相信对任何玩者都并不是一件难事)，按下Select键就可以放弃抵抗而招供。不论服从如否，Snake最后都会被送至医疗室对面的牢房中，和DARPA局长的尸首共处一室。
Check Point:奋死抵抗，还是乖乖就范?
如果在第一次拷问时乖乖服从了之后，当然就不用再受难啦!但是如果不肯妥协的话，Snake是会在牢房中再送至医疗室再“电”多一次的。然而，这个选择，却是游戏最终结局的关键。怎样也好，如果由始至终还是没有服从的话，在游戏后半部就会发现Meryl并不会死去，并和主角一起逃出；反之，如果服从了的话(无论是第一次还是第二次)，Meryl是会死去，而和主角一起逃出的会是Otakon博士。另外，在第一次拷问时如果没有服从的话，在一会找回自己的道具时是会被“加料”的。
在牢房中闷闷的，Snake并不能做出些什么，只好干等。然而，守岗的兵士却会突然感到肚子痛而离开一会，就在这刻，Otakon博士就会来企图帮助Snake而送他一樽KETCHUP、一张Lv.6的通行卡等东东，然后便匆匆离去了。Snake又可以怎样逃出呢?办法有两个：第一，在守卫回来前躲在床底下，他便会以为Snake不见了而开门入来调查，之后Snake便可以把他处理后离开；第二个方法就是在床前使用KETCHUP扮死，那蠢蠢的守卫也会入来看看。然而，如果来不及处理掉守卫而导至牢房门再关上的话也不用怕，因为Cyborg忍者也会来帮助Snake而替他开门的。然后Snake便可以在左上方的医疗室中找回自己的东东(但要留意一下有没有被Ocelot放入了计时炸弹(TIMER.B)有则要立即将其弃掉)，然后只要利用Chaff Grenade便可以令那处的监视Canera失控，并立即利用右上方的门口离开。
第十三章 通信A栋
从医疗室那门口走出之后，便是牢房(战车格纳库的B1F)，Snake可以乘这时到各处开启之前未能开启的地方，大肆搜括一番(尤其是武器库南部的CAMERA(摄影机)和核保存栋B2F入面的B.ARMOR(避弹衣)(若之前未取得热能探测镜(Thermal Goggle)的话，这个则会以Thermal Goggle代替)和B1F的伤风药(MEDICINE))。如果Snake患了伤风而不断打喷嚏的话，就好立即使用伤风药了，否则很容易会因喷嚏声而被敌人发现。而在Snake再回到地下通路时，今次再没有人包围了(看来……)，再走到里面的房间时，突然被那儿的监视CAMERA所发现，于是一大堆的敌兵便随后涌上，Snake见状唯有将眼前的两箱东东(其中，一箱是绳索(ROPE)，一定要拿到手)拿了之后立即往楼梯上跑。由于敌兵人数众多，逐一对付只会费时失事，所以应该穿上避弹衣，及不断使用Stun Grenade以停止敌人的移动，然后不断的往上跑、跑、跑。
Snake辛辛苦苦地，结果跑到天台上(总共跑了27层呢……)了。原来A幢和B幢的天台是连接着的，Snake见此原本想经此渡到B幢，可惜途中突然有一架直升机射下一发导弹，令中央的架桥弄断了，原来那直升机HIND.D是由Liquid Snake所控制着的。由于现在Snake并没有任何可靠的武器可对付它，他唯有用绳索从天台逐步的跳到下面的走廊去(只要以×键配合方向键来跳跃便可轻易跳过)。当Snake到达走廊上时，走廊的另一端却有着一些枪手等着他，Snake唯有走至安全的地方，再慢慢以NIKITA将他们逐一收拾。而在这儿的下方是有一道坏了的Lv.6门，只要利用C4便可将它修理(?)好。如果有需要回去补给一下的就经此回去吧，然后就要向B栋进发了。
第十四章 通信B栋
在走廊的另一端，Liquid Snake的Hind.D又再出现，可惜现在Snake仍不是其对手，所以只好逃到B栋里。在那儿，Snake得到可以对付Hind.D的武器-Stinger Launcher。离奇地，在B栋里面一个敌人也没有，但是往上的楼梯口被堵住，升降机也坏掉了，Snake唯有往楼下看看。往下走去，Snake发觉楼梯的另一端也是被破坏掉，所以只好原路折返。当回到刚才那一层时，便和Otakon博士再度遇上，和他再谈一下有关Meryl的事，然后便答应了Snake修好那电梯，而这时，往上的通路也疏通了。一直往上走至26楼(要小心每4层便会有Gun Camera守着，只要用Chaff Grenade便可干扰它们)，将全部道具都拿上手后，Snake便经门口步到天台，不出所料，Liquid Snake的Hind.D正在等Snake的出现呢!对付Hind.D的方法只有手上的Stinger Lanucher，而如果要击毁它的话，所需要的弹数约为十五发，所以要好好珍惜手上的弹药，当然，在击毁它之前也请紧记穿上避弹衣哦。
好容易才将Hind.D击毁，当折返26F电梯口时，升降机也已经可以正常运作了(但在途中仍要小心Gun Camera)。当登上升降机时，升降机突然有一下超重的声音，Snake也觉得奇怪。同时间，Otakon博士有消息传来，他说有四件光学迷彩服不见了，叫Snake要小心。Snake立时便察觉到超重的原因了，原来那四个人正穿着那些军服，且和Snake共处一室呢!如是者，Snake便立即戴上热能探测镜“看”出他们所在，然后逐一击破。然后Snake便步出升降机，而仍要小心藏在各阴暗角落的Gun Camera。
可得道具表：(由本攻略第七章至第十四章止)
英文简写 功用 最初得到地点
GASMASK 降低02计的减少速度 核保存栋B2F(Lv.3)
CAMERA 拍摄(一幅相要2格Save) 武器库南部(Lv.6)
DIAZEPAM 减少在使用PSG-1时的手震程度 核保存栋B1F(Lv.3)
C.BOX B 以纸皮箱隐藏自己* 核保存栋B1F(Lv.4)
N.V.G 在黑暗时仍能看清环境 核保存栋B1F(Lv.4)
B.ARMOR 被射击时减少1/2伤害 核保存栋B2F(Lv.6)
ROPE 用以由天台沿墙壁跳下 通信A栋地下
KETCHUP 装死用 医疗室
SCARF (请看下期攻略) 医疗室
*若变身成纸皮箱在货车上超过七秒时，它会将Snake送至该箱的原本地方。
可得武器表：(由本攻略第七章至第十四章止)
英文简写 功用 最初得到地点
PSG-1 远距离狙击 武器库南部(Lv.5)
STINGER 自动导向飞弹 通信B栋(Lv.6)
完美潜入计划·第三回
地图标识:
1. Ration
2. Chaff Grenade
3. Stun Grenade
4. Socom Bullet
5. FA-MAS Bullet
6. Grenade
7. C4 Bomb
8. Claymore
9. Nikita Missile
10. PSG-1 Bullet
11. Stinger Missile
12. Diazepam
13. Card Box.C
14. Body Armor*
15. Mine Detector*
*如果之前已经取得的话则不会出现
第十五章 大雪原
离开了通信B栋，Snake便到达了大雪原。当他一步出大雪原不久便受到袭击，于是他到处望，但四下无人，何来袭击?于是Snake便和博士通讯，询问一下还有没有光学迷彩衣被偷走，博士回答Snake他只得五套，计那四位伏击者和博士自己那一套后，就该没有多的了。Snake再想想看，嗯，应该是遭到伏击了。就在这时，博士便要求Snake不要将Sniper Wolf杀掉，当然，Snake绝对不会答应，其间Sniper Wolf更加入了对话中出言挑衅，这一战看来是不可免的了。对付Sniper Wolf的第一个方法，当然就是以其人之道还治其人之身，Snake大可以祭出他的PSG-1狙击枪，吃一颗Diazepam便可以和她比快互射。而另一个方法就是使用NIKITA遥控导弹，只要Snake躲在树后，慢慢地控制NIKITA弹的方向便可，但笔者还是喜欢使用前面的方法。当Snake打败了Sniper Wolf后，他便走到她的跟前，而这时博士也到场了。最后Sniper要求Snake给她和她的狙击枪一起来个解脱，Snake也答应了，然后Snake更将其手帕(SCARF)物归原主，将其盖在她的脸上，愿她安息。(如果之前将手帕装备上的话，洞窟的狗是不会袭击Snake的)然后，Snake便可以在雪原旁的仓库中收集道具，但要小心因为这些仓库中不是装上了Gun Camera，便是装上了地雷(Claymore)，所以进房前要使用Chaff Grenade干扰那些Gun Camera，然后再戴上热能控测镜(Thermal Goggle)看出地雷所在(不要用地雷探测器，因为当电波干扰时那是无用的!!)然后才大肆搜掠，其中包括有最后的一个纸皮箱(Cardbox.C)，但是笔者相信这东东现在已经无什作用了。
第十六章 溶矿炉
由大雪原北部的其中一个部屋中可以发现到一条楼梯通到地下去的，同时间会突然间弹出好像Game Over的字来，不用怕，只是叫大家换碟而已……潜入到溶矿炉内，发现到只得一个兵士守卫着，只要用Socom数发便可将其解决。然后Snake便发觉没有什么地方可走，只有最左方的小小落脚点，可是那儿却有移来移去的输送机阻着去路……于是Snake便祭出了他的NIKITA，一枪将输送机轰掉后(Nikita击中时会被敌人发现，可是四周都没有敌人，所以只要等一下便可)，便小心翼翼地沿着墙边移过去，而途中绝对不可放松方向键，否则便会失足掉下溶矿浆中而导致Game Over。渡过对面后，同样只用三发Socom便可以将那儿的守卫干掉，跟着便可到处找寻道具。其中包括了避弹衣(Body Armor，如果之前错失了的话可在这儿拿)及其他的弹药，但是要小心别得意忘形的掉到溶矿浆中，因为有多处地方是没有围栏的，另外还要小心放在暗角的Gun Camera哦!取完道具之后，便可朝着东北方的货物用升降机进发。
第十七章 货物用升降机
Snake小心翼翼的进入升降机室中，可是这儿竟然一个守卫也没有!Snake将这里的东东全部收集之后，便使用升降机上的控制台开动升降机(在控制台的盘位置按下○键便可)。当一开动升降机时，意然不知何处突然跳出三个兵士来袭击Snake!!Snake当然立即作出反应，穿上避弹衣并拿出FA-MAS来将他们逐一消灭，但要小心一点，因为他们要比其他守卫兵强三、四倍呢!然后升降机徐徐降至第二层，直奇怪，又是半个守卫也没有……但要小心在这房间中央的Gun Camera，它的复盖范围大得很呢!另外还要留意的，就是埋在第二部升降机前的地雷阵，由于电波干扰的关系，地雷探测器是无用的，所以还是用热能探测镜吧!当然，慢慢爬过亦可，但是要小心那Gun Camera哦。再开动第二部升降机，降下至最底层，在这时，Master竟然突然传讯息给Snake，告诉Snake在Campbell身边的Naomi原来是奸细!同样地，这里还是空无一人，在Snake身旁的，只是飞来飞去的乌鸦群。
第十八章 货物仓库
将升降机室最底层的东东都拿取之后，Snake便继续向前进发。一进入前面的货物仓库，Snake便见到一大群乌鸦，原来FOX HOUND的Vulcan Raven便持着他身上的重型机关枪对付Snake。在这战中，第一件事要留意的就是这里的气温。由于这儿的温度只得摄氏零下三十度(!)，在一定时间后，干粮会冻结而不能使用，所以绝对要速战速决。另外，有些道具是需要Vulcan Ravan射倒某些货柜才会掉下来，但同时也会导致通道阻塞。而Vulcan Raven的机枪扫射范围极大，多灵敏都会被打中不止一下，在近身时更加难以摆脱，所以绝对不可直接见面，要多加利用货柜来躲藏。而攻击方法有三个：第一是利用NIKITA，将导弹绕到他的后面炸他，但如果给Vulcan Raven见到导弹的话，他会将其射爆而使攻击失败；第二就是利用C4炸弹，当他走至那C4处时便引爆，但这一招的缺点是慢，因为他的路线颇难捉摸，而若放置多于一个的话，更会令自己错乱；第三就是利用地雷Claymore，这个东东一下子可扣掉他不少体力(当然，自己踩中的话也扣得非常厉害!!!)，当然，放得好的话，只要七至八个就足够干掉他了，而选这方法的话，则要放弃避弹衣而改装上地雷探测器或热能探测镜了，而笔者则选了第三个加第一个的混合使用方法来击倒Vulcan Raven。而在Vulcan Raven将死之时，他将Lv.7的通行证交给了Snake，更将先前FOX HOUND中的伪装大师Decoy Octopus假扮DARPA局长死在Snake面前的事告诉Snake，叫他日后要小心提防，然后，Vulcan Raven的身躯就全给乌鸦们吃掉了。这时，Snake又收到Master和指挥官Campbell的讯息，进一步讨论有关Naomi的事。
第十九章 地下基地
步出仓库，Snake便继续往北面进发，而在那通道里到处都放置了Gun Camera，所以要多加利用Chaff Grenade，而在那儿亦设有陷阱，若要避过只要向前冲便可。只要往左上方走便可到达地下基地。在地下的基地中的敌人很少，所以可以放心地走。在每走上一层时，都会收到博士的讯息，教Snake再走上司令室中将Metal Gear的开动指令解除，而他们则负责Hack系统。当Snake走至最高层的司令室时，见到Ocelot和Liquid正在讨论开动Metal Gear和FOXDIE的事，博士在这时告诉Snake如何使用PAL键来解除Metal Gear的方法，就是利用温度差的方法，但PAL键弄丢了!Snake唯有走到下面的水沟中将其拾回，但是位置则次次不同(但可以用热能探测镜看出来)，如果觉得那Gun Camera烦的话，大可以用一支Stinger将其解决，而在水沟中有时更藏有地雷，所以要小心行事，如果PAL卡不幸被老鼠吃掉的话，就更要努力地捉老鼠……将PAL键拾回之后，Snake便将它送到司令室右面的电脑中(绝对不可被监视Camera见到，否则一定导致Over，所以应先使用Chaff Grenade)，而中间的一部需要冻结的PAL键，而右旁的侧要高热的。为了使得它冻结，Snake唯有先回到那零下三十度的仓库等到其冻结后(PAL键会由黄色转为蓝色)再立即折返(迟了的话会变回黄色的)。将它插入中间的那部电脑后，Snake便将那PAL键带至溶矿炉处“加热”，只要等它变成红色时便可，但因折返的路途遥远，如果等太久的话(尤其在那冰冻的仓库)，它便会变成黄色而前功尽废。将它放进最右端的电脑后，Metal Gear的锁解除了，但同时机关竟然自己开动!原来Liquid一直假扮成Master，真正的Master早在三天前已死了……Liquid为了“答谢”Snake帮他输入了起动密码，便启开机关放出毒气并将门关上!!Snake当然立即要戴上防毒面罩(Gas Mask)，然后利用发讯机找博士帮忙。不一会，门重新打开了，而Snake也看见Liquid正向着Metal Gear的方向走去，于是他便跟着去。可惜不到一会，便被Liquid在谈话中乘机走上Metal Gear内……
如是者，Snake便要对付这庞大的“机械兽”了!这东东的攻击方法不外乎三种：近距雷射攻击、中距机枪扫射和远距的导弹攻击。而躲过的方法也很简单，对付雷射，只要背着它的方向往外走便可，而机枪和导弹则相反，只要向着它走就可以了。而它的弱点就在它右上方那圆形的地方，只要利用Stinger，穿上Body Armor，在它攻击的空隙(当然，先要避过它的攻击)便拿出Stinger攻击，然后收回以躲开它的攻击，只要不断重复以上两步便可以轻易地收拾那Metal Gear。而在半路中途，Cyborg忍者突然杀了出来，可惜他出场一会，和Snake说过有关Naomi的事情后便被Metal Gear所杀掉，而Snake和Metal Gear的第二回合也就开始了!它的攻击方法和之前一样，唯一不同的，就是今次它的弱点在它的正中下方，Metal Gear的控制台位置，但如果Snake站得太近的话，就会因视点问题而不能瞄到那儿，所以要好好留意距离。将Metal Gear打败之后，Slid Snake便要和Liquid Snake在Metal Gear的残骸上一决高下，而这一次则是一个简单的格斗，只要在两分半内将Liquid打至掉到地下便算胜利。
最终章Jeep驻车场
当Snake打倒了Liquid后，Otakon博士便会带Snake离开地下基地(如果之前被拷问时Snake并没有就范的话，Snake会和Meryl一起离开)，进入Jeep(Jeep即是吉普车)驻车场。拿取了两个干粮后便立即上车，Snake这时便可以利用吉普车上的机枪扫射敌人们，由于弹数是无限的，所以大可放心乱射，如果按着△键以主观点来操作的话会更易瞄准。通过两个关卡、将全部守卫干掉之后，Liquid便会从后面追上来，Snake只要继续向他扫射便可以轻易过关，如果体力不继的话就使用干粮吧。最后，Liquid终被撞入断崖，游戏也在此完结了。
