结肠功能紊乱，是一种肠道功能性疾病，在精神与饮食调节的同时，可试用以下药物治疗：
1、改善肠黏膜功能：
复方谷氨酰胺肠溶胶囊，一次2～3粒，一日3次，4周可为一疗程。
该药是一种新型的治疗肠道疾病的中西药复方制剂，主要功能为保护及促进肠粘膜修复，增强肠道免疫屏障功能，调节消化系统功能。
适用于食欲不振、消化吸收不良、食后腹胀、肠道溃疡、急慢性肠炎、慢性腹泻等症；
麦滋林也是含L―谷氨酰胺的制剂，可以服用。
2、对症治疗：
1）伴有腹痛、腹泻者，可服复方苯乙哌啶，每次1～2片，或易蒙停，每次10mg，每日3次。
2）以便秘为突出症状者，可用胃肠舒，是取自动物胃肠粘膜加
3）调节肠道菌群药物：
如乳酸菌素片， 整肠生、丽珠肠乐等可调节肠道菌群，治疗慢性腹泻型结肠功能紊乱。
4）有较重抑郁、焦虑、精神紧张者，可可短期服用抗焦虑或抗抑郁药物，如安定、百忧解等。
3、中药治疗：
可选用补脾益肠丸、结肠炎丸等，脾胃虚寒可用附子理中丸，脾肾虚寒的鸡鸣泻，可服四神丸。附子理中丸短期服用，腹泻好转后，可服用人参健脾丸调理肠胃。
胃肠道功能紊乱的临床特点，特别是病情常随情绪变化而波动，症状可因精神治疗如暗示疗法而暂时消退，提示有本症的可能性.
必须强调指出，在诊断此症前必须排除器质性疾病，尤其是胃肠道的恶性病变.以IBS为例，多数患者情绪紧张、就医时述诉繁多，滔滔不止，有的将症状写在纸上，唯恐遗漏.医生首先应耐心听取和分析患者的陈述，仔细进行体格检查和常规化验，包括血常规、血沉、粪常规、粪隐血虫卵和细菌培养、纤维结肠镜及结肠气钡双重造影.除外结肠癌、炎症性肠病、憩室炎、痢疾等.有持续腹痛伴体重减轻者应作全消化道钡餐摄片除外克隆病，餐后持续上腹痛者作胆囊超声，怀疑胰腺疾患时作腹部CT及淀粉酶测定，怀疑乳糖酶缺乏症时应作乳糖耐量试验;小肠粘膜活检除外小肠粘膜疾病;结肠粘膜活检除外结肠炎.初步诊断为此症后，还须密切随访，经过一段时间，才能确保诊断无误.
