第二幕：追赶-废墟
状况：
Holiday牺牲了。
你必须继续沿着地铁前进并找到那附近的医疗中心。
FEAR的技术官Jin Sun-Kwon正在赶往Auburn Memorial医院和撤离点。
任务：
找到附近地铁的入口然后跟着铁轨向城市的医疗中心前进。
沿着道路前进来到一个院子里，拿医疗包，从ATC保安尸体踩过上台阶听到敌人的对话。
士兵甲：“这是回声6号，我们已经到达第一目标点。”
士兵乙：“收到，回声6号，警戒那个区域，已经证实有入侵者。”
听完唠叨后，进门收拾掉所有的复制兵，注意拿到一把激光枪，那是个好东西。沿着路前进来到一个门前，看到幻觉，有鬼魂出现，幻觉消失后进门，干掉两名士兵然后下梯子来到处理厂，这里有隐形人，用机关枪收拾他们，干掉几名隐形人后来到梯子跟前，先别上去，用机关枪干掉爬在梯子上面墙壁的隐形人，之后上梯子拿火箭筒，穿过走廊听到敌人的对话。
士兵甲：“指挥部，我们在3号区域联络。”
指挥部：“增援部队正在路上。”
看来又有一场恶战，在前面收拾掉所有复制兵，上梯子隔窗子看到下面有隔重型机器人，下去用火箭筒废了它，实在不行就用慢动作吧，干掉机甲后沿着大街前进，在拐弯处看到那架坠毁的客机，客机下面就是通向地铁的入口，进入过关。
第三幕：下降-终点站
你已经成功穿过了仓库区并找到了通向城市的地铁系统。地铁系统链接着市中心的医疗区。
Jin Sun-Kwon就在前面，一个人等着。
任务：
向下走穿过地铁的终端来到地铁的铁轨那。
沿着铁轨向医疗中心前进。
任务开始后沿着楼梯向下走，看到前面栅栏后面的卫兵在和其他人通话。
士兵：“把那些板条箱卸下来以便运输。有更多的补给品正在送来。”
不错，是个好消息，又有补给了，后面留意那些板条箱里面有很多好东西。
来到走廊后看到幻觉，等幻觉消失进入走廊的一间房子，里面躺着两具三角洲队员的尸体，看来是被复制部队干掉的，拿他们的武器补给一下。此时听到电脑的声音。
电脑：“根据市长办公室的命令，大都市快速运输线现在关闭直到得到进一步的指示。”
电脑：“据此命令所有居民返回家里并锁好门，直到接到进一步的通知。”
干掉前面的几个复制兵，继续前进注意拿到路上的火箭炮。
进入大厅，这里有很多士兵，小心应付，注意敌人的机甲，用火箭炮轰了他。干掉所有敌人后从一扇门出去。
电脑：“L医疗中心，现在在黄线处上车。”
电脑：“从Auburn Memorial医院发来的第435次列车已经到站。”
电脑：“请注意收听今晚26频道的节目，汉克打开地下室发现了黑暗收获的秘密。”
出门后看到一名复制兵流下去了。
士兵：“第四区安全，目标正在路上。”
跟着士兵下去，进入走廊的一个门，干掉里面的守卫进入地下道。从地道另一边出来可以进入地铁控制室。
在监视器上看到Fettel出现，启动开关打开栅栏门。出门看到敌人破墙出现，杀死士兵和机甲然后从打开的卷联门下去，在走道里面再次看到三角洲士兵的尸体。前进进入走廊的门，杀掉几名士兵，出门拿重炮和狙。
下楼梯听到敌人的声音。
士兵：“关上大门。”
看来此处有埋伏，杀掉敌人后进入通风管，在经过一段幻觉后看到复制兵被小女孩干掉了，出管道来到控制室，打开大门后沿路前进，进入一间满是血的屋子。注意会有鬼魂过来进攻，干掉他们后在屋子里转转，再次看到小女孩，此时堵住出口的货架会被鬼魂推开，干掉鬼魂后前进来到隧道，回到刚才和机甲战斗的地铁站台，穿过地铁进入铁轨。
第三幕：下降-黄线
状况：
复制部队使用地铁来运送装备和补给。目前还不清楚他们这么作的目的。
任务：
沿着铁轨前进来到Auburn Memorial医院的出口处。
第二目标是收集复制部队在地铁系统活动的情报。
一开始就跟敌人遭遇了，郁闷。
士兵：“这里是黄线，重复，这里是黄线，干掉他。”
可是忽然出现异常讯号，复制士兵一阵惨叫全被干掉了，小女孩出现了。
小女孩：“你现在安全了。”
莫名其妙的，还要提高警惕，目前小女孩貌似不是很有敌意。
延铁轨前进来到一个站台，干掉这里的所有复制兵，拿补给后下到另一边的铁轨，进入台阶下的门。打开上锁的门进入地道，一直前进到另一边补给一下，进门消灭一、二层的士兵，来到控制室。下梯子出门干掉铁轨上的两部自动机枪，进入机枪旁边的门后会看到幻觉，幻觉里面Jin和Felttel都出现了。
Jin：“他在这！是Fettel！”
Jin：“别靠近我。”
Felttel：“我不大算对你作什么，Kwon小姐。”
Felttel：“但是，我不能代表我母亲。”
Felttel消失了，接着貌似前作里面的光头老又出现了。
Jin：“是Jankowski吗？”
Felttel：“我吃掉了好中尉的眼睛，他们大部分是要泄密的。”
Jin：“Spen，你的眼睛..”
幻觉消失了，继续走，干掉前面房子的士兵后进入一个走廊，进入走廊边的门，干掉几个复制兵后进入一个小通道，砸碎地板上的通风管盖子下去，来到一个水池。爬梯子上去，在爬的中途会被小女孩推下来，靠，再来，这次可以顺利上到顶层。
此时，传来绝望的惨叫声，继续往上爬，上来后看到东倒西歪的躺着三角洲队员的尸体，看来刚才被火力很强的家伙干掉了，小心前进，在转弯处布设一些陷阱，然后引那边的重甲过来，配合陷阱用火箭炮轰了他，记得拿他的MINI机枪，火力很猛的。
下梯子，沿着走廊前进，推开一扇门后听到里面士兵的对话。
士兵甲：“把那东西挪开。”
士兵乙：“就是他了。”
洞一声，一具三角洲队员的尸体被扔了下来。
士兵甲：“你认为他现在在哪？”
士兵乙：“谁？”
士兵甲：“就是他。”
士兵乙：“回声零号报告说他在1号发电机室附近。”
士兵甲：“他们确认过了吗？”
士兵乙：“还没有。”
干掉这两个说废话的傻瓜，前进来到发电机室，干掉所有卫兵，上二层一直走进入走廊的门，又是幻觉，等幻觉消失后继续前进，打开墙上的铁丝栅栏进入通风口，出来后延通道一直走，从前面门口的通风口跳下去。
第三幕：下降-L
状况：
复制部队已经进入地下来追捕你了，他们试图在每个转角处都设置全套来阻止你。Jin Sun-Kwon已经连续几个小时没有联络过了。
复制部队正在向一个未知地点运送大量的补给装备。还不清楚他们使用这些装备的目的。
任务：
走出地铁并向医疗中心前进。
任务开始后在一间房子里。向前走，干掉几个挡路的小兵进入发电机室旁的小管道，下梯子进入污水排放管道，听到Jin的声音。
Jin：“我成功了，我到医院了。”
Jin：“哦，上帝啊。他们死了，他们都死了。”
继续沿着管道前进，路上又会听到Jin的提示。
Jin：“他们知道你过来了。当心点。”
Jin：“他们在围捕你。”
前进来到一个大柱子呢，前面的铁桥断了，没办法了下水吧，从旁边的小管道进去，打开水阀门让水漫上来，打开锁子来到刚才的大柱子那，游到对面爬梯子上去进入一个大排污口。
沿着管道前进可以来到一间管道喷火的房子，干掉这里的卫兵和增援部队。关闭燃气阀门可以停止喷火，上梯子前进，在一个通道口听到敌人的无线电。
士兵甲：“回声九号报告。他们都死了，他干掉了他们。”
出去干掉对面桥上的两名士兵，然后绕路过去，进入地面的洞。
出来后，看到幻觉，爬梯子来到二层，在一间屋子里面再次出现幻觉，前进来到一个库房，拿急救包后延路前进。干掉这里的几名士兵后前进来到一个走廊，听到士兵的无线电。
士兵：“指挥官要那些炸弹全部就绪。”
士兵：“把那些炸弹也装上。”
士兵：“目标还在路上。”
出门后来到地铁隧道，看到墙上布满了炸弹，干掉前面一个安炸弹的复制兵。沿着铁轨前进来到一个站台，又听到敌人的无线电。
士兵：“灶巢鸟三号报告，所有炸弹已经就位了。”
指挥官：“收到了，灶巢鸟三号。引爆炸弹。”
士兵：“明白，引爆炸药。”
轰，爆炸了，现在出去干掉这里的守卫，然后上台阶来到一扇门前，该死，门从里面反锁了。
未知人士：“门锁着呢，笨蛋。”
未知人士：“哦，哦，咳，我，不知道是你啊。听着，你要听我的。没有我帮忙你不可能干掉原质的。你清楚了吗？”
未知人士：“你在那等会，我会过去把门打开的。不过你要向我保证，你会带我一起走。”
未知人士：“你使用火箭炮？不，等等，我想是离子枪吧。”
未知人士：“迷你机枪如何呢？不？”
门开了，原来是那个死胖子，看来他没死咳活的好好的呢，靠，恢复的也太快了吧，肚子上连隔枪眼都没有。这家伙看到是我，掉头就钻进旁边的门了，该死，又锁着呢。不管他了，继续前进吧，来到一个大厅，看到那又不少复制兵，扔个雷过去可以干掉大部分，剩下的好解决。收拾他们后，布置陷阱，把所有能控制的等扔下吧，一会会有重型机甲出现，利用陷阱和高级武器干掉他，从他出来的大洞进去，上台阶来到车站出口。隔着玻璃干掉地铁上的卫兵，下去小心收拾掉所有复制人，注意有个机甲，如果没有重武器就进火车吧。里面有速射炮，用那东西干掉机甲后拿补给，补充完毕后上斜坡冲出地铁，此时炸弹引爆了，一阵气浪过来，主角失去了知觉。
第四幕：预谋-大人物
状况：
为了阻止你逃出来，复制部队引爆了大量安装在地铁系统里的炸弹。
爆炸产生的气浪把你掀到了附近的一个停车场里面了。
找到离开停车场的路并且进入临近的医疗中心。
任务：
离开停车场向医疗中心前进。
从昏迷中醒过来，摇摇晃晃的站起来，耳边传来了Jin的声音。
Jin：“这里到处都是复制部队。”
Jin：“他们占领了这座城市。”
听完Jin的提示，在旁边换大炮。天上的直升机扫射完毕后会离开的，出去把顶层的敌人和一个重甲人干掉，拿点急救包然后来到楼梯口。
Jin：“我不知道该去哪了。”
下梯子来到地下停车场，在入口处听到敌人的无线电。
士兵：“找好防御！有一名入侵者正朝我们这前进呢。”
出去干掉他们，小心这里有敌人的重型机甲，用火箭炮轰了它，继续向下走，路上别忘了拿补给还要小心敌人布设的感应式跳雷。一路杀到底层大厅，看到幻觉。好像是Feltte和他的复制部队出现了。
Felttle：“你难道还不明白吗？你是什么，为什么你要来这里。”
忽然画面一闪，出现一个戴眼镜的家伙。
未知男：“你将成为人中之神。”
幻觉消失了，进门听到一个神秘声音。
神秘声音：“为什么要跑？你不可能逃掉的，自从你出生你就是他的一部分了。”
开门继续走来到一个长走廊听到Jin的声音。
Jin：“你还没有过来，不是吗？我要一个人死在这了。”
Jin：“我不想孤单的死去。”
推开前面的门，进去拿补给品，在电话那里可以听到留言。
未知女声：“John，发生什么了？我联络不到任何人了。”
出门一场恶战，干掉所有士兵爬梯子来到二层，从断裂的石桥跳到对面去，干掉几名士兵后前进。在一扇门前看到门后面出现的小女孩。
小女孩：“快点。”
接着便消失了。继续走，干掉拦路的几名士兵来到控制室，按开关打开一扇卷联门，原路返回再跳回去，进入打开的门。
干掉这里的士兵和1个重甲人后进门上楼梯。在走廊听到一个男音。
陌生男音：“赶快。”
进屋子拿补给，听留言。
一个男声：“Jenny，是John。待在那别动，我会过去找你的。”
出去来到三层的平台，杀掉对面的4名士兵后从断裂处跳过去。进屋子，看到幻觉后听到一个男声。
陌生男声：“很快，你就要作一个选择了。当你停止奔跑时你就离时间很近了。”
幻觉中看到许多怪物，突然，Jin从前面跑过去了，刚要靠近时，幻觉消失了。回到现实里面，从屋子出来后听到一个女人的惨叫声，难道是Jin！顺着血迹上楼梯，在楼上的一间屋子里面看到一群怪物围着一个浑身是血的人，赶过去怪物们突然消失了，只剩下浑身是血的Jin，地上的相机还在不停的拍照，闪光灯照的房子忽明忽暗，Jin也死了。
继续前进，在前面的门口听到敌人的声音。
士兵：“守住这扇门。”
出门，干掉对面5层的几名士兵后跳过去，进屋干掉厅里和楼上的卫兵听留言。
男声：“咳，宝贝。只是确认一下。所有的新闻都在报道爆炸的事，我只是想确认一下你没事。”
前进来到医院，过关。
第五幕：撤离点-恶性
状况：
你已经单独进入了Auburn Memorial医院。Jin Sun-Kwon牺牲了。已经很久没有收到三角洲部队成员的讯息了。撤离点的情况也不清楚。
小心的调查医院并寻找通向医院顶层的活动电梯。
任务：
寻找活动电梯之后乘坐它到达医院的顶楼。
现在进入进入医院了，一路顺着走道前进路上看到隐形士兵，前进来到接待室-Waiting Room，在这里又收到未知的讯息。来到门口听到敌人的无线电通讯。
士兵甲：“巡逻队，汇报情况。”
士兵乙：“红队报告，还没有发现敌人。”
士兵丙：“蓝队报告，没有发现他。”
士兵丁：“橙队报告，没有情况。”
看来这里有不少敌人啊，要小心。下楼梯，干掉下面的3名士兵前进来到药房（Pharmacy），听到敌人的无线电“小队，散开。”
出门干掉这些士兵，来到控制室打开大门。出来进入刚才打开的大门看到地上有许多三角洲队员的尸体，一直前进来到电梯间，从打开的门跳过去爬梯子一路向下（注意向上的梯子，那里有补给和迷你机枪。）。爬下来后出门来到孕妇监护室（Maternity Ward），向前走，路上还能看到更多的队友尸体，看来他们曾经和什么激战过。在一个走廊处，忽然断电了，此时手电筒也失效了，摇摇晃晃来到走廊尽头看到一个物体爬上房顶跑了，走过去开门，继续前进。
在一间士兵被吸上房顶的房间里面进入旁边的通风管，爬行一段出来进入一间满是血的房子（护士台）。小心这里有那种快速移动的怪物，用霰弹干掉他们后来到一个走廊，向尽头的大门前进可是走到一半被一股力量推回来了，回头发现整个走廊都变样了，身后的一扇门前有个怪物若隐若现，靠过去怪物消失了，开门后回到现实。继续走来到一间地上有血的大厅，小心这里的隐形士兵，干掉他们后上楼梯，推开一扇门后再干掉一个隐形兵前进来到一间屋子，里面躺着两名三角洲队友的尸体，在这里补给一下，一会有大战的。
出门后小心鬼魂，干掉他们来到走廊的一扇门前，推门进去干掉里面的士兵和机甲人。出门上楼梯进入楼上的控制室，先补给一下，然后按开关打开卷联门，从监视器看到大量士兵杀过来了。出门用重火力干掉这些白痴，然后进入刚才打开的卷联门。
沿着走廊前进，消灭前面的三个重甲人后上楼梯。开门下来在拐弯处看到一名垂死的复制兵。前面传来枪声和士兵的喊叫。
士兵甲：“撤退！”
士兵乙：“快来人救我啊！”
士兵甲：“这些家伙到底是…”
……………
等一切都安静下来后出去，原来是鬼魂和士兵混战，等士兵死光了再干掉剩下的鬼魂。前进来到电梯控制室，打开电梯的大门，从监视器上看到小女孩进入了电梯，但是透过玻璃却什么也看不到，奇怪啊，不管他，先进入电梯再说。出门进入电梯，按开关向上走，走到一半电梯突然开始摇晃…………….
第五幕：撤离点-黑暗之心
状况：
医院已经被洗劫了，三角洲队员的尸体到处都是。未知部队通过操纵活动电梯潜入了这里。
任务：
让电梯重新启动并一直上到顶层。
出电梯来到警卫室补充一下弹药，然后进入这里的通风口。在通风管道里面看到下面的房子出现了小女孩，从管道出来后前进，干掉路上的两个鬼魂，进入停尸房。出现幻觉，在幻觉里面挣扎一会会掉入一个血池，向下游然后掉到一个房间，好像回到了现实，但是还是有些模糊。
此时身处一间屋子，周围游很多上锁的门。前面的写着“南监护1室”的门被锁住了，旁边的门会被几个鬼魂打开，干掉他们来到那扇门前。门边写着“所有的访客必须在护士台那登记”。进入此门来到另一间屋子，上锁的门上写着“监护室A”、“南监护室2”，前进进入手术室，听到一个女声。
“我在等你呢。”
前进消灭破门而入的鬼魂，进门来到一个走廊。走廊的墙上写着“监护室A”，上锁的门是“监护室C”，走另一边的通道，消灭出现的鬼魂，来到一个长走廊，边上的门里面关着一个浑身是血的男人，他在不停的惨叫。沿着走廊前进来到一间满地是血的房间干掉出现的鬼魂，一直前进直到出现幻觉。在幻觉中看到两个小女孩合而为一了，接着幻觉消失回到了现实中，这次是出现在停尸间里面。此时音乐也变的轻松了，找到去电梯的路吧。路上听到自己人的无线电。
Better（FEAR小队联络官）：“他还活着！我刚收到了他的信号。”
Better：“如果你能听到的话，上到楼顶，那里有架直升机在等你。”
一路前进发现所有血迹都消失了，气氛也不那么渗人了，回到电梯向上走吧。
第六幕：尾声-尾声
状况：
活动电梯再一次被激活了。三角洲特种部队的联络官和你取得了联系并且指示你前往医院楼顶的撤离点。
目前还没有发现其他FEAR队员或者是三角洲部队成员生还的迹象。仍然需要提高警惕。
任务：
来到屋顶的撤离点然后逃离。
在电梯缓慢向上爬的过程中，联络官又发来了讯息。
Better：“保持警惕。”
Better：“注意寻找那架黑鹰直升机。”
电梯打开后出来，看到楼顶有很多特种部队的尸体，天空响起了直升机引擎的声音。
Better：“现在你应该了解的更多了吧。”
Better：“你应该在飞机上看看这里的情况。”
忽然出现大量复制兵，小心干掉他们，留心他们最后出现的那个重甲人。干掉所有人会听到自己队友的提示。
Passalaqua（三角洲部队特工）：“丹大妈，小鸟呼叫。我们在地面降落。”
从敌人出现的门进去，向撤离点跑啊。
Passalaqua：“快点，我们要赶快离开这鬼地方。”
跑道一扇门口，已经可以看到直升机了，在有几步就可以离开这了，忽然听到队友惊慌的声音。
Passalaqua：“什么，这是……”
紧接着就是惊天动地的爆炸，巨大的气浪把主角掀翻了，向后狠狠的摔到了地上…………….直升机爆炸了……..
在迷糊中主角爬了起来，耳边传来一个熟悉的男声，是Felttel吗？
Felttel：“他们试图烧掉他们的罪孽，但是却种下了毁灭自己的种子。”
Felttel：“但是，她不应该被遗忘。我们会让他们想起来的。”
Felttel：“他们会死的。他们都会死的。”
Felttel：“战争即将降临。我在梦境里见到了，火焰遍布大地，死尸满是街头，城市化为灰烬。这都是报应。”
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