木马行动负责人是第八局特务科长李伯涵。此人是个天生的间谍，头脑机敏、心狠手辣。接受“木马”任务时，李与谭之间有约法三章，谭作为上司，也不能过问行动进展，而潜伏名单则只能由李伯涵一人掌握，任何人不得染指。
搜捕水手失败，李伯涵觉得局里有共产党的卧底，在他看来人人都有嫌疑，包括局长谭忠恕。
谭忠恕私下指示刘新杰留意李伯涵。他说李野心太甚、为人阴险，而刘是自己唯一信任的人，所以让他暗中监督李。谭忠恕交给刘新杰一批李伯涵资料，嘱咐刘新杰细心研读。
刘新杰就是共产党卧底，是他传递情报挽救了水手。刘的任务是在敌情报机关潜伏，不到万不得已不参与行动，也不能和“外面”的同志直接联系。因为他在敌人心脏里的位置实在太宝贵了。
刘新杰听说过“水手”，他知道此人是上海地下党的重量级人物。那天突生变故，刘新杰被迫打破了常规——他帮水手逃过一劫，但他知道自己也因此而面临暴露的危险。李伯涵一直在主张严查内部，或许他已怀疑上了自己，谭忠恕这顶保护伞还能打多久？刘新杰思索着……他的耳聋和健忘只是麻痹敌人的手段，其实他耳聪目明，记忆力惊人。有这两项“缺陷”掩护，他反倒比一般人听见和看见的要多得多。
不久前刘新杰得到一个信息，有一位“外面”的同志会和他接头，这个人将带来新的指令。这在刘新杰的卧底生涯中也属例外。这个人是谁？刘新杰猜测这个人可能与水手有关。会是水手本人么？他不再猜测了，因为他的任务是等待。
刘新杰仔细研究谭交给他的李伯涵资料，有了谭忠恕面授的密令，他更放开手脚，对李实施调查。调查结果中有一点使刘新杰稍稍吃惊，原来李伯涵早就在查他了。
谭太太与儿子的班主任顾晔佳小姐很投缘，遂向谭忠恕建议，把顾小姐介绍给刘新杰做女朋友，谭忠恕也觉得合适。于是谭太太出面撮合，刘新杰找借口推却多次，最后谭太太亲自买了电影票送到刘新杰手里，刘新杰只得与顾小姐相会在电影院。初次约会的夜晚，因为刘新杰耳聋，两人没谈几句话。刘新杰送顾小姐回家，在楼下分手后，刘新杰慢慢踱步走开。他并没走远，而是隐身在马路对面阴影里观察良久，才离去。
顾是地下党特工，水手的助手。水手接到上级指示，搞到“木马”名单，必要时可以唤醒潜伏在敌第八局的卧底。卧底究竟是谁，如何唤醒他？了解情况的只有一位高级首长，现正在吉林前线指挥作战，联系不上。水手决定在等待的同时，要千方百计打进第八局。段海平和顾晔佳分别结识了谭忠恕夫妇，头几步走得很顺利。谭太太提出为顾做媒，对象是第八局的高级官员刘新杰。段海平决定让顾晔佳去赴约会，这也许是打进第八局的一条捷径。
刘新杰谨慎地与顾晔佳交往，本能地注意她的举止行踪，顾晔佳也设法查探刘新杰的底细，两人间产生几番误会和怀疑。就在这时顾得到了唤醒卧底的联络方法，两人才认明对方的身份，刘新杰明白了她就是带来新指令的同志。
谭忠恕对那批药品穷追不舍，幸亏有段海平一直暗地支持，庄先生才顶住压力。离船到港的日期越来越近了，突然传来“智慧女神”号在海上遇到风暴沉没的消息。谭忠恕狐疑地追查，庄先生却被发现意外身亡。谭得到结论：船的确出了事，庄因无法交货而被共产党杀死，他松了一口气。
其实装载药品的货轮改换了船名，庄先生和他的船同天安全抵达大连。原来八天前谭开始刺探药品情况时，段海平就开始安排庄先生离开上海，并用假船名骗过谭，把药品安全运到北方。
水手段海平终于与刘新杰取得了联系，两人目前的任务是一致的——“木马”行动。顾晔佳负责刘新杰和水手之间的联络，他们以情侣关系做掩护，顾晔佳对刘新杰暗生情愫。
盘尼西林案之后，谭忠恕并没把段海平列为怀疑对象。因为是他自己主动找段海平牵线结识庄先生，而段海平与此事并无牵涉。相反，他倒觉得段是个君子，可以为友。(剧情频道 电视节目表)
谭忠恕不再去检讨自己的失败，因为他还有更重要的使命，搜索水手。谭忠恕手里仍握有那份水手网络的名单，当时被泼的墨迹，已经清理出一部分。除了那三个抓到手又被劫走的，他现在手里还有四个名字。
对这四个人，谭忠恕没有轻举妄动，而是查清他们的身份并把他们监控起来。这四个人分别是董乾坤、毕玉海、冯庆霖和边日南，他们都是水手的直接下线。谭忠恕这时才觉胜券在握，抓到水手应该是早晚的事了。
刘新杰探到一些关于“木马”的情况。李伯涵共招募了三百名行动特务，把他们集中在一处基地，以“死士”的标准严酷训练。这个基地在长江口外的一个岛上，像监狱一般严格封闭，外面的人进不去，里面的人也出不来。段海平还是想找机会试一试，能否打进去。
李伯涵对刘新杰的怀疑日益增长。一次李伯涵请刘新杰喝酒，席间突然接到报告说有地下党在一处民宅开会，李立刻组织一次突然搜捕，他请刘参加突袭，并说凡是对行动知情的人就不能离开，以免泄密，刘无法拒绝只好跟着去了现场。
刘新杰跟着李到达被包围的小楼，李突然塞给刘一把枪。就在即将破门而入的瞬间，刘新杰迅速回忆，终于发现破绽——这小楼他曾在李伯涵的材料里见过，这是李的一处训练据点。刘明白过来这是李伯涵对自己的试探，他毫不犹豫地持枪冲进现场，举枪就打。屋里的人慌忙解释是自己人，弄得李伯涵好不尴尬。
刘新杰找谭忠恕告了李伯涵一状。谭忠恕申斥李，李不服，他扬言除非看见刘新杰亲手抓、亲手杀共产党，才能相信他的清白。
谭忠恕也希望刘新杰证明自己，以封众人的口，于是特意安排了一次抓捕，让刘带队。
刘新杰向谭解释，自己多年坐机关没参加过行动，怕干不了。谭了解刘是局里无人能及的战术高手，宽慰他没问题，刘新杰无法推脱只好带队出发。这次的抓捕对象是水手的下线毕玉海。刘新杰在出发前检查枪支时注意到，有一个特务的手枪有点滑机，于是他在布置包围毕玉海家时，故意地碰了那个特务的手肘，导致走火而给毕玉海报信，毕成功逃脱。
走火的特务讲义气地为刘处长开脱，谭也判定刘没有直接责任。李伯涵却更加理直气壮地怀疑刘，谭忠恕陷入两难。刘新杰也面临着难题：如不亲手抓捕同志，就将暴露自己……
