由于海外贸易的刺激，清朝康熙时期，江浙闽粤沿海地区商品经济发展十分活跃，手工业、商业和农业的产业结构也发生了相应的变化，所以，东南沿海地区与全国主体部分经济结构的龃龉便在所难免，因而，禁海与开海的争论，也是这种差异的必然产物。
康熙十九年（1680年），在平定南方三藩之乱的同时，清军趁机收复了厦门、金门两地。南明郑氏武装集团虽退守台湾，继续抵抗，但其势已成强弩之末，而之前，控制福建、广东两省的藩王耿精忠、尚之信也相继降清，东南沿海局势终获好转。
与之同时，我们在清廷的政府行为中，也看到了一些新意。比如，该年稍早些时候，福建省有33人因越禁出洋伏法，三法司按例判决罪当斩首，但这时康熙却并未循例批准，他说：“海上机宜，正在筹划，倘金门、厦门既下，则此辈又当另议。”而更早时候，在距台湾较远的盛京、直隶、山东沿海一带已经准许沿海居民捕鱼、煮盐，清廷还命令当地官员查报船户、以防匿税。虽然闽浙一带海禁依然未开，但我们也看到，自顺治年间开始的不准“片帆入海”的禁令，至此总算出现了松动的迹象。
于是，福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督万正色等地方官员以沿海要地均已设防为由，先后奏请废除闽浙一带海禁。康熙皇帝也曾不止一次地表示“船只出海，有裨民生”，但这时，康熙皇帝思虑再三，后依坚持“海禁未可骤开”。一年后，又有荷兰国使团请于福建地方“不时互市”，而“部议不允”。那么为何康熙竟如此“优柔寡断”呢？
其实，无论怎样考寻史籍记录，我们都很难将康熙皇帝与迟疑、保守的印象联系起来。继位十数年以来，当他循序渐进地挥洒着自己雄才大略的同时，之所以又对沿海督抚大臣一次次奏请开海的要求予以回绝，无非是考虑到海外反清势力，尤其是郑氏残余力量尚未肃清、朝基未固，而这也正是清初禁海令的根源。
海禁
郑成功的兵力最强盛时，曾“聚集二十七万人”，“舳舻千艘，战将百员。”要维持这样一支庞大的军队，仅仅依靠台湾、厦门几个岛屿是远远不够的，郑成功通过发展海外贸易、营造海舶大舰往来东西两洋经营商业，从而保障了部队给养，为抵抗清军提供了源源不断的支持。正如当时史料所记载：“（郑）成功以海外弹丸地，养兵十余万，甲胄戈矢罔不坚利，战舰以数千计，又交通内地，徧买人心，而财用不匮者，以有通洋之利也。”
长期以来，清军对郑氏集团始终奈何不得，但又“芒刺在背，不能不拔”。于是顺治十二年（1655年）六月，清廷采纳闽浙总督屯泰的建议：“严禁沿海省份，无许片帆入海，违者置重典。”
