清初海禁从此开始，此间，官民如有将违禁货物“出洋贩卖番国，并潜通海贼（郑成功）”者，“皆交刑部治罪”。又第二年，清廷正式下达“禁海令”，顺治帝说：“海逆郑成功等窜伏海隅，至今尚未剿灭，必有奸人暗通线索，贪图便利，贸易往来，资以粮物。若不立法严禁，海氛何由廓清？”为此，清廷谕令沿海各督抚，“严禁商民船只私自出海，有将一切粮食、货物等项与逆贼贸易者，……不论官民，俱行奏闻正法。”“沿海地方大小船只及可泊船舟之处，严敕防守”，“或筑土坝，或树木栅，处处严防，不许片帆入口”。
这些禁令固然严厉，但依然不能完全断绝郑氏反清势力同内地的联系，比如，郑成功海船上所用的钉、铁、麻、油、硝，粮、布等必需品，就是多由沿海居民，“阑出贸易，交通接济”。于是，清政府进一步实行了更为严酷的迁海政策，敕令山东、江、浙、闽、粤沿海居民尽徙入内地。按照当初的设想，“寸板不许下水”，“货物不许越界”，“如此半载，海贼船只无可修葺，自然朽烂，贼众许多，粮草不继，自然瓦解”。当时福建漳州的一位知府曾以“婴儿绝乳”这样形象的比喻来想象着“迁界”对于郑氏武装力量的打击。
而当时严重的社会人口压力，则是海上贸易兴盛背后的又一驱动力量。中国人口的数量在清初康乾之际突然如爆炸一般激增，在江南，尤其是沿海一带，耕地的承载能力已经饱和，传统的农业文明中，经济发展已近极限。而人民生齿日繁，社会发展不得不另辟途径，以缓和人口、土地及生存空间日益紧张的矛盾。
论争
然而，禁海令在削弱郑成功反清势力方面并没有取得明显的效果，郑氏集团反而凭着海上贸易的支撑，坚持抵抗了几十年之久。同时，积年累月的禁海、迁界却使得沿海居民深受其害，而海疆未靖，统治者认为更不宜开禁。这样，原本作为一项临时作战措施的海禁，就在如此尴尬的局面中延续下来。
但是，禁海、迁界对于沿海一带社会经济的打击实在惨重，所以，禁海、迁界几乎刚一开始，就受到了沿海各省官民的激烈反对。最先提出不同意见的是湖广道御使李之芳，他上疏列举了八条反对意见，认为“自古养兵原以卫疆土，未闻弃疆土以避贼”，禁海、迁界之后，郑成功尚可以与东西洋各国贸易，不但断其接济的目的不能实现，反而将贻祸国计民生。
又顺治十八年（1661年）五月，尚可喜奉旨与两广总督李栖凤勘海后，见到流民颠沛失所，便上疏为迁民请命，说：“粤东沿海二千余里生灵数百万，室庐在是，产业在是，祖宗坟墓在是，一旦迁移，流离失业，深可悯痛，哀请宸恩。”而即便是禁海政策的倡行者、任职福建总督多年的李率泰，在临终之前，也遗书请求展界。
