雍正初年，年羹尧成为新政权的核心人物，被视作社稷重臣。年羹尧虽远在边陲，雍正却让他参与朝政。
在政务活动中，雍正常常征求采纳年羹尧的意见。山西巡抚诺岷提出耗羡归公的建议，雍正对年羹尧说：“此事朕不洞切，难定是非，和你商量。你意如何？”律例馆修订律列，雍正阅后发给年羹尧看，要他提出修改意见。
在用人和吏治方面，雍正给与年羹尧极大的权力。在川陕，“文官自督抚以至州县，武官自提镇以至千把”，其升迁降革均由年羹尧一人决定。对其它地方官员的使用，雍正也常听取年羹尧的建议。
在生活上，年羹尧的手腕、臂膀有疾及妻子得病，雍正都再三垂询，赐送药品。对年羹尧的父亲年遐龄在京情况，年贵妃以及她所生的皇子福惠的身体状况，雍正也时常以手谕告知。赏赐美食珍宝玩物更是常事，一次赐给年羹尧荔枝，为保存鲜美，雍正令驿站6天内从京师送到西安，这可与唐朝向杨贵妃进献荔枝相比了。雍正对年羹尧宠信优渥，希望他们“彼此做个千古君臣知遇榜样”。
年羹尧的失宠和继而被整肃是以雍正二年（1724）年十月第二次进京陛见为导火线的。在这次赴京途中，他令总督李维钧、巡抚范时捷等跪道迎送。到京时，黄缰紫骝，郊迎的王公以下官员跪接，年羹尧安然坐在马上行过，看都不看一眼。王公大臣下马向他问候，他也只是点点头而已。
在京期间，年羹尧俨然成为总理事务大臣。更有甚者，他在雍正面前，态度竟也十分骄横，“无人臣礼”。结束陛见回任后，年羹尧接到雍正的朱谕：“凡人臣图功易，成功难；成功易，守功难；守功易，终功难。……若倚功造过，必致反恩为仇。”这件朱谕一反过去嘉奖赞赏的词语，向年羹尧敲响了警钟，此后他的处境便急转直下。
探客观地讲，，由于雍正宠信过分，赞誉过高，征询过多，致使年羹尧权力膨胀。而年羹尧骄横傲慢，忘乎所以，不守臣节，则渐渐引起了雍正的警觉和不满，终于下决心惩治这个天下“第一负恩人”。
雍正对年羹尧的惩处是分步进行的。第一步是在雍正二年（1724年）十一月年羹尧陛见离京前后，第二步是给有关官员打招呼，雍正或叫他们警惕、疏远和摆脱年羹尧，或叫他们揭发年羹尧的劣迹，为处罚年羹尧做准备。第三步将年羹尧调离西安老巢。雍正先将年羹
尧的亲信甘肃巡抚胡期恒革职，署四川提督纳泰调回京，使其不能任所作乱。雍正三年（1725年）四月，解除年羹尧川陕总督职，命他交出抚远大将军印，调任杭州将军。最后一步是勒令年羹尧自裁。
年羹尧调职后，内外官员更加看清形势，纷纷揭发其罪状。雍正以俯从群臣所请为名，尽削年羹尧官职，于当年九月下令捕拿年羹尧押送北京会审。十二月，朝廷议政大臣向雍正提交审判结果，给年羹尧开列92款大罪，请求立正典刑。
雍正说，这92款中应服极刑及立斩的就有30多条，但念年羹尧青海战功，格外开恩，赐他狱中自裁。年羹尧父兄族中任官者俱革职，嫡亲子孙发遣边地充军，家产抄没入官。咤叱一世的年大将军以身败名裂、家破人亡告终。
