1950年元旦刚过，蒋便把阎锡山叫到办公室，说是与他商量“行政院”改组人选，其实就是通知他应该换掉哪些人。在蒋介石的授意下，形成了如下的人事任免名单：
1.谷正纲代理“内政部长”；
2.陈良任“交通部长”；
3.阎锡山辞去“国防部长”职务，由参谋总长顾祝同兼任；
4.“政务委员”张群辞职，由丘念台继任；
5.关吉玉辞去“中央银行”总裁一职，由俞鸿钧继任。
从这个名单可以看出，谷正纲、顾祝同、俞鸿钧等蒋的嫡系接替了阎锡山的人马。就连阎锡山本人任职多年的“国防部长”一职，也失去了。
“行政院”改组，引起了国民党各方人士的不满。一天晚上，阎锡山刚刚吃过晚饭，正在院子里散步，一帮四川籍的“立法委员”闯进了官邸，他们气愤地质问阎锡山：“这次‘政府’改组，四川这么一个大省，为什么无一人‘入阁’？”
这一问，倒把阎锡山问住了。因为他名为“行政院长”，但改组人事，他不能做主。这次改组，他圈子里的人也“改”掉了不少。但这怎么好与人明说呢。阎锡山一肚子苦水无处倒，自己没有落得好，反而处处遭人埋怨。
蒋介石频繁干预“行政院”事务，弄得阎锡山十分窝火，时间一长，他就产生了卸任的念头。
1950年2月21日，蒋介石指使国民党中央非常委员会向在美国的“代总统”李宗仁发出了最后通牒，限李三天之内返台，否则便视作放弃“总统”职权。
三天之后，“立法院”通过了一项决议，恢复蒋介石“总统”的职位。
不久，蒋介石在台北举行仪式，正式“复职”。仪式完毕，阎锡山便向蒋介石提出了辞去“行政院长”的请求。
阎锡山提出辞呈，蒋介石求之不得，暗自高兴。但是，他仍要假意挽留一番。第二天，蒋介石亲自来到“行政院”阎锡山的办公室，与阎长谈，安抚阎锡山。
“百川兄，你行政院长干得好好的，为什么要辞职呀？是对我当总统有什么想法吗！”蒋介石没有落座，就笑着问阎锡山。
“哪里，哪里，总统多虑了。锡山我年事已高，最近身体也一直不好，唯恐辜负总统重托，行政院长一职我想让给年富力强的人来干，会比我干得好些。”
“百川先生临