4月9日，张治中接到了新任行政院长何应钦发来的电报，转告4月7日在广州召开的国民党中央常务委员会通过的关于和谈原则的决议。从决议中可以看到，国民党毫无和谈诚意，继续作垂死挣扎，同时也表明李宗仁、何应钦根本无权决定和谈条件。
从4月13日开始，双方进入正式谈判阶段。当日，毛泽东函告周恩来，在第一次正式会议上解释协定草案要点并征求对方意见外，还应向张治中表明:“4月17日必须决定问题。18日以后，不论谈判成败，人民解放军必须渡江。”“应争取南京代表团六人都签字。如果李、何、白不愿签字，只要他们自己愿签，亦可签字。签字后他们不能回去，叫他们全体留平。”
两次正式会议上的较量
4月13日晚9时，国共双方的和谈代表团于中南海勤政殿举行第一次正式会谈。
在勤政殿内，一排长桌放在大厅中间，两边分坐双方代表，长桌两边后侧各有3张小条桌，是双方记录和列席人员的座位。会谈前，国民党和谈代表都已经看过并在内部讨论了《国内和平协定草案》，预感到谈判形势的严峻。
第一次会议，首先由中共首席代表周恩来根据毛泽东的意见，对《国内和平协定草案》作一个详细的说明。在明确战争的历史责任的问题上，周恩来指出:“战争的全部责任，应该由南京政府担负。因为这是一个历史性的协定，是保证今后国内和平的一个文件，所以必须在条款的前文明确这个责任。”关于惩办战争罪犯，这个整个国民党统治集团最敏感的问题，周恩来是这样说的:这一条分两款，一款是规定在这次战争中主要的战犯必须惩办。在惩办原则之下，给予宽大待遇；第二条是关于日本战犯。南京国民政府放走了日本侵华战争最大的战犯冈村宁次及其以下260多名的日本战犯。“对于这种措施全国人民异常震怒。所以我们一定要求在签订协定以后，由政府要回来重办。”
随后，南京国民政府首席代表张治中发言。他先是对中共方面给予南京政府代表团的周到接待表示感谢和敬意。然后对《国内和平协定草案》中不能接受的条款进行了陈述。主要分三个部分阐述:一是(草案的)“前文里有若干过于刺激的字句，我们希望在精神和内容能酌加删节。”二是第四条关于军队改编机构整编委员会问题。张治中认为，中共提出整编委员会要在人民革命军事委员会领导下成立，我们认为军队改编的第二阶段，应由联合政府来办理分区改编军队工作，联合政府下自然有军事机构来掌管这一事项，而人民革命军事委员会本来是中共的军事机构，这点实应考虑。三是待民主联合政府成立之后，南京国民政府即向民主联合政府移交……而在第十九款中规定:南京国民政府要“向人民革命军事委员会负责，并接受其领导”，若是如此，“岂不是人民革命军事委员会变成了南京的太上政府？这点我要重申刚才所提同样的理由，认为不相宜，请中共代表团诸位先生再加考虑。”发言最后，张治中十分感慨地说:“我今天固然代表我们政府和中共商谈和平，同时个人一向也是中国共产党的朋友，至少不是中国共产党的反对者。这次中共在战争中胜利，可说已到了一个圆满的地步，如果现在这个明智的和平政策能贯彻下去，那么中共就不仅是军事的胜利者，而且是政治上的大大的成功者。”“目前则我们以至诚至敬之心，希望中共能从此领导国家，达到独立、自由和民主的目标，并建设国家，臻于富强康乐之境。这就是我们代表团同人向中共代表团同人所想表示的一点小小意见和希望。”
