发动机也有严重的可靠性问题，在使用了 7.5 个小时后必须全面检修，而检修完毕后又只能运行 7.5 个小时。发动机问题造成许多 B-45
趴窝，军方没有足够的资金购买备份引擎来保证 B-45 的出动率，另一方面 J47 要优先供应 F-86 佩刀战斗机。这仅是个开始，B-45A
在服役中陆续暴露出严重缺陷：高速飞行时陀螺仪不准，弹舱门打开时 E-4
自动驾驶仪失效，紧急刹车不可靠，炸弹挂钩在飞机机动时可能脱锁，抽吸泵导致发动机起动时着火，空速表经常失灵，燃料压力表也是反复无常。而那些装备 AN/APQ-24
雷达的“高级”B-45A
还面临着雷达故障不绝、备件短缺的棘手问题，而且雷达天线位置设计不当，限制了探测范围。另外最夸张的是增压系统也出现问题，飞机被限制在增压泵可正常工作的高度下飞行。
现在在加州 Castle
空军基地博物馆陈列着一架 B-45A 47-008。但是这架飞机拥有后期型 B-45C
的座舱盖。座舱盖的更改或者是在作为海军无人机控制机服役期间或者是在博物馆将其从中国湖海军武器中心带回后，进行重新组装时搞错的
空军曾一度计划把第 47 大队的 B-45 部署到远东空军，但是 B-45A
的航程不足以飞到夏威夷转场（B-45A-1-NA 的转场航程 3,411km），并且飞机尺寸太大，无法完整装进美国海军的标准运输船“自由轮”和“胜利轮”。结果
B-45 部署远东的计划流产。