在圣纳哂（Saint-Nazaire）外海摧毁了一艘万吨轮，16 ,243 吨的兰卡斯崔亚号（Lancastria），杀死近 5,800
名盟军人员。约有 133 架的 Ju 88
机被投入闪电战中，然而极高的战斗损失与意外迫使他们快速撒出行动，以保存机组人员来飞这种很高性能的飞机。有些机组人员据报害怕 Ju 88
更甚于敌人，并要求转调到 He 111 单位。至此，A-1 型暴露的重大缺陷导致一系列的重新设计。结果是从翼尖算起被加长至 20.08
米（65 英尺 10 英寸半）的翼展，进一步诞生了A-5。存活下来的 A-1 机则被依照 A-5 规格的新机翼，尽可能快的加以修改。
不列颠之战
至 1940 年 8 月正值战斗激化之际，A-1 机与 A- 5
机被交至作战部队。不列颠之战经证明代价甚巨。Ju 88 较快的速度没能防止它们的损失超越同僚的道尼尔 Do 17 与亨克尔 He
111，尽管部署数量要比前两者为少。在 1940 年 7 至 10 月之间，在英国上空损失的 Ju 88 高达 313 架。同时期的
Do 17 与 He 111 损失分别高达 132 架及 252
架遭摧毁。为使其较不易遭攻击而做出一系列的野战套件来，包括后机枪更换成双管机枪，及外加的驾驶舱装甲。
在不列颠之战的尾声期间，旗舰型的 Ju 88 A-4 进入服役。虽然比
A-1 要慢，但是所有 A-1 上的困扰都被改掉了，Ju 88 终于成熟化为一架一流战机。A-4
实际上受到额外的改进，包括更强力的引擎，然而不像纳粹空军中的其它飞机，它没有接到新的机型代号变动。Ju 88C 也受惠于来自 A-4
的变动，而在纳粹空军终于决定要一种新的重型战斗机时，Ju 88C 就是一架强力的、精炼过的飞机。
东线
