90 度的主起落架设计，很像是美国 P-40
战斗机所用的设计。此一特点在于完全收回起落架时，主轮能收至支架下端之上，并被采用成为所有未来生产型 Ju 88
飞机之标准。这些单脚起落架支柱也在它们内部运用杯状弹簧垫圈，做为起飞降落之主要减震方式。当此之际，展开了生产一种“重型”俯冲轰炸机的极端修改。主翼被强化，加上俯冲减速板，机身被延长而且乘员数增加为四人。尽管有这些发展，但
Ju 88 仍被当成中型轰炸机而参战。
第一架原型机——Ju 88V1
在 Ju 88
上为冷却引擎而选择了环状散热器，这些散热装置被放在各引擎正前方，就在螺旋桨后，让引擎的冷却剂管线与机油冷却散热器（被整合至环状散热器内）能尽量缩短。此一概念可能也导致许多其它德国军用飞机设计采取相同解决方案，诸如阿拉道
Ar 240、亨克尔
He 177、亨克尔
He
219，褔克.伍尔夫
Fw 190 和双引擎的褔克.伍尔夫
Ta
154 的直列动力开发。