1941 年 9 月 25 日飞行于东线上空的 Ju 88A
爱沙尼亚冲突时期于波罗的海诸国作战的 Ju 88
单位，运用在挪威、法国与英国所使用的相同俯冲轰炸战术，对苏联航运造成严重的损失。KGr806 于 1941 年 8 月 8
日在陶林港（Tallin）的罗克沙湾中击沉苏联驱逐舰卡尔马克斯号（Karl Marx）。于 8 月 28 日在 KG77 与
KGr806 击沉 2,026 吨的蒸汽轮维若尼亚号（Vironia）、2,317 吨之卢瑟尼号（Lucerne）、1,423
吨之阿提斯克容瓦德号（ Artis Kronvalds）及破冰舰克利斯扬尼斯瓦德玛斯（Krisjanis Valdemars）号（2,250
吨）时，Ju 8 8获得更多成功。苏联舰队的剩余舰只被迫改变航线。这让它们陷入了密布的雷区。结果 21
艘苏联战舰、包括五艘驱逐舰，触雷并沉没。在 8 月 29 日，Ju 88 造成运输船 Vtoraya Pyatiletka （3,974
吨）, Kalpaks （2,190 吨）和Leningradsovet （1,270吨）沉没。此外，Ivan
Papanin、Saule、Kazakhstan 与 Serp i Molot 等舰只受创。约有 5,000 苏联士兵丧生。
芬兰空军
在 1943
年早期，正当芬兰对抗苏联在打后续战争之时，芬兰空军向德国购买了 24 架 Ju 88 飞机。飞机于四月转交给第 44 中队。第 44
中队先前曾经装备布利斯托的布莱翰机，但是这些被另行转移给第 42 队。由于 Ju 88 的复杂性，1943