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最终，工程按照东线方案施工。“虽然要下穿沪杭铁路、穿过3条高速公路和钱塘江出口等不利因素，但从贯通的可能性来讲，最具优势。”而西线从航运的角度来看是最理想的，但建设成本巨大，破坏西线附近的景区旅游资源，不利于环境保护，与城市规划有一定冲突；改造现有航道的中线方案会极大地破坏已有的城市规划，难以解决文物保护等难题，也不是一个好的方案。
杭州市港航管理局负责人表示：“选择东线方案，仅仅为了航道下穿铁路，就要为架高沪杭铁路买一笔‘巨单’。可以说，为了保护城市规划和环境，我们做了最不经济但也是最经济的选择。”
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