申请降低住房公积金缴存比例的程序如下：
首先，由企业法定代表人提出，并提交职工代表大会或者工会讨论通过无职代会或工会组织的，需向全体职工征求意见，须经职工本人同意。其次，企业要经主管区、县、局、控股集团公司批准，报市公积金管理中心备案；无主管区、县、局、控股集团公司的企业，需经市公积金管理中心审批。
企业在提出降低住房公积金缴存比例申请时，应向主管区、县、局、控股集团公司或者市公积金管理中心提供下列材料：
1企业申请降低住房公积金缴存比例的报告。
2由企业填写的《申请降低住房公积金缴存比例审批表》。
3由同级财政财税专管员审核同意的单位上一年度财务决算报表。
