腰椎间盘突出症的椎间盘摘除手术，是一种开展时间较长，疗效较为肯定的手术。但即使如此，手术过程中及术后，还是可能出现一些并发症，影响手术效果，增加病人痛苦，有时甚至导致患者因手术并发症死亡。医生和需要进行手术治疗的腰椎间盘突出症的患者，都应对此手术的常见并发症有一定了解。
(1)感染。感染是所有外科手术共有的并发症。腰椎间盘摘除手术除可能并发手术切口感染外还可能发生椎间隙感染。
(2)神经损伤。手术中在硬膜外或硬膜内都有可能损伤神经根。
(3)大血管损伤。最常见的是经后路手术时损伤腹后壁大的血管。
(4)粘连与瘢痕。手术部位的神经根与椎板切除后硬脊膜的暴露部分常发生粘连与瘢痕，会留有腰痛或神经根放射痛。
(5)脊柱不稳。部分病人术后腿痛消失而腰痛持续存在，拍腰椎功能性运动Ｘ线片时，有明显的脊柱异常活动。
(6)脏器损伤。血管损伤时可能伴有其他脏器损伤，如膀胱、输尿管或小肠等。一旦发现应立即剖腹探查，及时修补受损脏器，以免发生腹膜炎。
当然，只要有严格的无菌操作、轻细准确的手术技巧和随机应变的能力，就能尽量避免并发症的产生。对已发生的并发症，应给予及时准确的处理，以减轻其不良后果。