1521年3月初,在水尽粮绝、人人疲乏虚弱之际,航队来到了富饶的马里亚那群岛,受到当地居民的热情款待。3月底船队来到了菲律宾群岛。当麦哲伦原来从马六甲带走的仆人亨利用马来语与当地土人对上话时,麦哲伦是多么激动啊!他的环球航行的梦想终于要实现了,他从西方向西航行终于到达了东方,他以不可辩驳的事实证明了,地球的的确确是圆形的。
为了征服这块盛产香料的富饶土地,这个坚韧果敢却满怀野心的麦哲伦,企图利用当地部族间的矛盾来达到他的目的,然而在一次与当地部族的冲突中,麦哲伦被杀害了。最后,麦哲伦的助手烧掉一条破烂不堪的船,带领仅存的两条船载满香料越过马六甲海峡,经印度洋、过好望角,辗转一年多,终于在1522年9月回到了西班牙。这时,整个船队仅剩下一条船与18名船员了。