一些品牌的纯净水、蒸馏水直销点配备了臭氧消毒机，提供上门清洗服务。据介绍，这一消毒方法是利用臭氧的杀菌作用来达到清洗饮水机的目的，在清洗时，排空机内剩水后，将消毒机的接口和饮水机的入水口对接上，将臭氧注入饮水机内胆，经过大约20分钟后的熏蒸，装上水桶后放出少量的水。由于臭氧在常温下的半衰期为20－50分钟，几个小时内可以全部分解，氧化生成为无害的氧气、水和二氧化碳，在经过臭氧杀菌清洗后，一两个小时就可以喝到放心的水了。但要注意的是，这种清洗方法不能清除掉水垢等杂质。
清洗饮水机内胆所采用的比较普遍的方法是用去污泡腾片或专用消毒剂。据了解，去污泡腾片这种含氯的药片经水分解后，可以有效杀灭大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、白色念珠菌等病菌。具体的清洗过程是：先打开饮水机后面的排污管，并打开所有开关以排空所有的剩水，将1片去污泡腾片溶解在2升左右的清水里制成消毒液，可以用一小部分消毒液擦洗饮水机的各部位，其余的灌入胆内，过15－20分钟后，再打开饮水机的开关和排污管，排尽消毒液，用7－8升的清水多次冲洗内胆就可以了。
先拿掉空的水桶，中间有一个进水口。把这个“漏斗”一样的进水口拔出来，里面还有一个蓄水的“小池”。用干净的布清洗“漏斗”和“水池”。然后在“水池”中灌满干净水，再放入一片消毒药片（药店里有售），泡15分钟，打开饮水机的所有开关，排净消毒液。然后灌入干净水，打开所有开关排净冲洗液体，直到放出的水没有氯气味了，才可以饮用。外机用湿布蘸上牙膏擦一下，机身就很干净了。另外机身后面底座有一个排水口，打开后要把水放干净，才能进行前面的清洗操作。 一般情况下，桶装水的使用期限为一个星期左右，最多不超过半个月，而饮水机的消毒应为一个月1次左右，在天热时则应更勤。
