妊娠早期，由于胎儿和各个器官尚未发育完整，因此孕妇患了流感后，病毒可通过胎盘而影响到胎儿的器官发育，尤其是在胎儿心血管系统的形成过程中，这种病毒可造成婴儿的先天性心脏病。此外，妊娠期间患流感还可能造成胎儿畸形，并有可能增加胎儿恶性肿瘤发生的危险，从而影响下一代的终身健康，这些影响尚未得到直接证实。
由于感冒所造成的高热以及所产生的毒素，也可刺激子宫并引起收缩，造成流产或早产。
在妊娠晚期，如果得了感冒，虽然这时胎儿基本上已发育完全，对胎儿造成畸形或先天性缺陷的机会减少，但由于容易引起早产，也会增加新生儿的死亡率。
