长期以来，由于标准化工作的相对滞后，原标准不能区分配制酱油和酿造酱油，造成市场的混乱。一些生产企业随意在产品上标注“酿造酱油”或“纯天然酿造”字样，更有一些不法商贩用酸水解植物蛋白液冒充配制酱油或酿造酱油，这些行为，既破坏了市场公平竞争的环境，又不利于消费者明明白白消费。为此，GB18186-2000《酿造酱油》标准将在商品标签上注明是“配制酱油”还是“酿造酱油”列为强制执行内容。由于酿造酱油和配制酱油在生产工艺、感官性状、化学成分上具有很大的不同，因此，分清楚酿造酱油和配制酱油的主要区别十分重要。
酿造酱油是用大豆和脱脂大豆或脱脂大豆，或用小麦和麸皮或麸皮为原料，采用微生物发酵酿制而成的酱油；配制酱油是以酿造酱油为主体，与酸水解植物蛋白调味液、食品添加剂等配制而成的液体调味品。配制酱油必须以酿造酱油为主体，酿造酱油的比例（以全氮计）不能少于50％。只要在酿造酱油中添加了酸水解植物蛋白液，不论添加量多少，一律属于配制酱油。
酿造酱油发酵时间长，产量低，成本也相对较高。配制酱油则产量大、成本低，生产周期短。但毒理数据发现，配制酱油中添加的酸水解植物蛋白调味液中含有的3—氯丙醇具有致癌作用。根据即将执行的酸水解植物蛋白调味液国家标准中的强制性条款，每千克酸水解植物蛋白调味液中，3—氯丙醇含量不能超过1毫克，英国对同类产品的相应要求为少于0.1毫克，而瑞士仅要求少于10毫克。
专家指出，酿造酱油不存在致癌问题。3—氯丙醇在配制酱油中存在是现实问题，但消费者也不必因此而紧张，市场上销售的无论是酿造酱油还是配制酱油，只要符合生产标准，消费者食用都是安全的。
新标准对酿造酱油、配制酱油的鉴别方法是参照台湾省酿造酱油的标准：规定酿造酱油中乙酰丙酸（果糖酸）不得超过0.1％，超过这个界限，就证明不是纯酿造酱油，而是添加了“酸水解植物蛋白调味液”的配制酱油。乙酰丙酸是酸水解植物蛋白调味液中存在的一种特殊的有机酸成分，而在纯酿造酱油中，这种有机酸含量极微。