两者的区别就是有宗和空宗的区别，实质上是从不同角度来表述佛陀的真理.唯识宗侧重于从真谛视角出发，而中观宗则侧重于真谛角度阐发.
唯识宗主要倡导万法唯识之法门为主.认为"识"即心之原体，离识变现之外无任何实在，称为唯识。即认为吾人自己心外之物心诸现象皆由八识自体所变现之主观（见分）与客观（相分），又将所认识对象之相似形状视为心内之影像所映现而认为实在实有，且作为认识对象之物境自体（本质）亦从阿赖耶识中之种子变生，故唯识以外无其他实在，称为唯识无境，或据万有从识所变之意义，而称为唯识所变。此理论见于成唯识论卷二。可分为：(一)因能变，又作因变、生变；所有之存在皆从阿赖耶识中之种子变生。(二)果能变，又作果变、缘变；其结果在八识上起主观与客观之区别，而向对象作用。观心觉梦钞卷下分为以下二种道理说明：(一)熏习道理，即生变之义，种子系由自心之作用深植于识中。(二)转变道理，即缘变之义，由识变现见、相二分。
唯识法相宗之根本教义，说唯识之相，以五位百法不离识者，即为总门唯识或不离门唯识；五位之中，心王是识之自相，心所为相应于心王作用之心理活动，色法为识所变现，不相应法为以上三位之分位假立者，无为法为以上四位之实性，依此等理由显示唯识者，称为别门唯识。别门唯识之说系为愚者分别能所而说明，故又称虚妄唯识、不净品唯识、方便唯识。初地以上之菩萨能了悟唯识之理，证得唯识无尘智，而存有真识者，称为真实唯识、净品唯识或正观唯识。成唯识论卷九列举对唯识教理九种疑难（唯识九难）之答释。唯识九难即：唯识所因难、世事乖宗难、圣教相违难、唯识成空难、色相非心难、现量为宗难、梦觉相违难、外取他心难、异境非唯难。
中观宗则以龙树《中论》为基础，宣扬空观之学派。认为由世俗之名言概念所获得之认识，皆属於戏论范围，称为俗谛；唯有依照佛理而直觉现观，方能证得之诸法实相，则称为真谛。从俗谛而言，因缘所生法，一切皆有；由真谛而言，一切皆无自性，皆毕竟空。然世俗有即是毕竟空，毕竟空即存在于世俗有中，若不依俗谛，则不得第一义，不得第一义，则不得涅槃。即在理论上，统一性空与方便；在认识上和方法上，统一名言与实相、俗谛与真谛；在宗教实践上，统一世间与出世间、烦恼与涅槃，即所谓假有性空，不著有、无二边之观点，即称中观。与瑜伽派对立。迄印度大乘教末期，此派一直为二大潮流之一。
七、八世纪之际，中观派与瑜伽派有交互流通之趋势，终于形成寂护莲华戒等之中观瑜伽派，与密教同时流传，直至印度佛教之灭亡为止。
在我国方面，此派之学说由鸠摩罗什开始系统地介绍至中国后，发生极大之影响，如隋唐之时，三论宗、天台宗、华严宗及禅宗等诸大宗派，均以此派之创始者及其经典为立宗之重要根据。
