日本精神医学的主流是生物学派，治疗上也是以药物治疗为中心，心理治疗只起辅助作用。十九世纪后半叶，受德国医学的影响，日本开始形成现代精神医学，从此以后，以生物学派为主流的倾向一直延续至今。
然而，由非精神科医师所进行的心理治疗及心理咨询正日益增多，治疗的范围也日趋扩大，希望学习临床心理学的学生也不断增加。近年来，在日本，一般把医生所进行的心理治疗称为精神治疗，而把心理学家等非医生所进行的称为心理治疗。这两种称呼并不反映在治疗内容方面有什么区别，只是反映了医生和其它职业的社会地位不同。
各种流派的心理治疗，分别以各个大学的附属医院为中心而开展。精神分析是第二次世界大战后由美国传入日本的，近年来主要集中于对边缘性人格障碍进行精神分析，但实施正宗的精神分析的医生和医疗机构数量很少，更多的是在理论和技法上取折中的立场。
森田疗法是日本创造的心理治疗方法，主要针对所谓的森田神经质，也用于强迫症。自1920年森田教授创立以来，一直以慈惠会医科大学为基地，进行此疗法的研究和实践。现在只有两、三个医疗机构能做到森田教授当年那样，即治疗者和病人一起生活，完全是一种家庭式的环境。其它都是根据各自的条件对森田疗法进行一些改良来应用于临床。
近年来，引进认知疗法或认知行为疗法的人逐渐增多，主要以抑郁症作为治疗对象。另外还有家庭治疗、艺术治疗、集体心理治疗等方法，各有各的适用对象。
但从整体来看，将这些心理治疗作为临床工作主要内容的精神科医生为数极少。精神医学的生物学派占主导地位，临床上多习惯于用药物治疗，因此今后一段时期内不太可能有很多医生对心理治疗产生浓厚兴趣。
与上述情况相对应，临床心理学家在医院内外所进行的心理治疗活动十分活跃，虽然临床心理学家还没有实行国家资格制度，但仍然活跃于医疗、教育、产业、福利等领域，今后还有扩大的趋势。
日本的临床心理学是在二次大战后美国罗杰斯学派的影响下发展起来的，可能是罗杰斯的非指导性、以病人为中心的理论较符合日本人的性情。罗杰斯学派的心理咨询主要用于大学生、逃学儿童、青春期问题及家庭咨询。
另一个特点是荣格学派的分析心理学十分流行，如临床心理学大师河合准雄就是荣格学派。此外，新弗洛伊德理论也很受关注，特别是艾立克森的发展阶段理论，在幼儿期和青春期心理治疗上产生很大影响。在治疗技法上，很少有人采用真正的自由联想和释梦技术，一般的心理分析面谈时都是面对面的。另外，也有不少临床治疗者对集体心理治疗感兴趣。
临床心理学家的学术组织是心理临床学会，会员有六千多人，由文部省的外围团体承认的临床心理学家也超过了四千人，由文部省委托的学校咨询员中九成具有这种资格，另外还有少数人自己开业。然而，临床心理学家的学历背景参差不齐，还存在很多问题，在医疗领域受到精神科医生的抵制，日本精神科医生对心理治疗的兴趣正在减弱。
