在所有种子植物中还可以再分为两类，即被子植物和裸子植物。这两类植物的共同特征是都具有种子这一构造，但这两类植物又有许多重要区别。其中最主要的区别是被子植物的种子生在果实里面，除了当果实成熟后裂开时，它的种子是不外露的，如苹果、大豆即被子植物。裸子植物则不同，它没有果实这一构造。它的种子仅仅被一鳞片覆盖起来，决不会把种子紧密地包被起来。在马尾松的枝条上，会结出许多红棕色尖卵形的松球，当仔细观察时，会看到它是由许多木质鳞片所形成，它们之间相互覆盖。如果把鳞片剥开，可以看到在每一鳞片下覆盖住两粒有翅的种子。在有些裸子植物中，如银杏，它的种子外面，连覆盖的鳞片也不存在，种子着生在一长柄上，自始至终处于裸露状态。具有这些特性的植物，都称为裸子植物。
被子植物与裸子植物的根本区别是种子外面有无果实包被住。但当我们检查某一植物是属于被子植物还是裸子植物时，并不都要去察看一下它们种子的情况，通常从其他一些特点来判断。首先看它是草本还是木本植物，如果是草本植物，那毫无疑问，一定是被子植物，因为裸子植物全部是木本植物。如果碰到的是木本植物，那么先看看有没有花，有花的则是被子植物，因为裸子植物是不开花的。如果碰到没有花的木本植物，则可看叶片，裸子植物的叶片，除了银杏以外，叶形通常狭小，呈针形、鳞形、条形、锥形等。银杏叶片虽宽，但呈展开的折扇状，叶脉二叉分枝，也很容易识别。其他少数裸子植物叶片稍宽一些，也仅仅呈狭披针形。这一部分叶片稍宽的裸子植物也不会同被子植物相混，因为这些裸子植物的叶脉，除中脉外，侧脉都不明显，叶片质地也较厚，都是常绿植物。
根据以上几个方面来共分被子植物和裸子植物也就不难了。
种子植物在世界上有20余万种，其中绝大部分是被子植物，裸子植物仅占极小的比例，总共只有700余种。被子植物与人类的关系最为密切，衣、食、住、行无不与被子植物相关，各种重要的经济植物，如粮食、油料、纤维、糖料、饮料、香料、橡胶以及药用植物等等，都主要来源于被子植物。但裸子植物是木材的宝库，从森林的分布面积和木材的蕴藏量来看，裸子植物都有举足轻重的作用，在我国所生产的木材中，约有四分之三是由裸子植物所提供的。
因此，从它们的作用来看，被子植物比裸子植物更高级！
