当前，在转换企业经营管理体制中，将国有企业转换为股份制企业，使企业获得更大的生存空间，在为企业创建经营和发展的外部环境方面都发挥出积极的作用。但由于诸多原因，一些改革措施并未能到位或发挥应有的作用，致使目前一些股份制企业在运营和管理上还存在一些问题：
一是先天不足，发展方向不明确。我国自1992年开始推广股份制企业试点以来，由于赶时间，使一批国有企业仓促搭车，改制成股份制企业。当时国有企业对股份制还知之甚少，改制后企业如何发展，没有明确方向。有的企业有了资金却不知干什么，可又不能长期握着资金什么都不干，因而造成盲目投资，碰到一个项目“先上了再说”成了当时的准则。因此，在股金投资上随意性很大，不少投资项目都背离了招股说明书的投资意向，许多项目不但没有收益，反而成了企业的包袱，还有一些企业即使到目前仍然没有确立明确的目标。
二是遗留问题困扰企业发展。第一批股份制试点企业中，有些企业由于受各种条件制约，其股票至今未能上市交易。而且随着我国对证券市场管理的逐步规范，内部交易也已被禁止，使这些企业不能进入筹集市场，因而不能筹集到足够的资金，给企业的发展带来影响。目前，非上市公司经济效益不佳，这在很大程度上与这个原因有关。
三是体制改革不彻底。国有资产代表权的归属一直是股份制企业摆脱不开的问题。目前基本上是由企业的主管部门行使国有股代表权，这样企业主管部门成了大股东，问题是主管部门还没有确立按新机制行使管理权的机制，这样股份制企业又回到原来的轨道上。国有股代表权实际上变成了行政管理，甚至是行政干预的护身符，股份制企业仍有指标，有的股份制企业还要上交管理费，成了“婆婆”说了算，企业仍没有经营自主权。企业在更多时候是面对上级，而不是面对市场。更多的受地方利益的制约，而不能面对全国。使行业发展形成地方割据，而不能形成全国大格局。“婆婆”成了大股东，小股东的利益就很难保证。反过来，企业失去众多股东的有效监督就没有压力，企业的运营和发展变数增加，风险加大。目前，一些股份制企业长期投资多、金额大、效益差问题比较普遍，企业经营成果不真实、决策不民主的问题也比较严重，其根本原因就是体制改革不彻底。
四是无偿占有国家资金。股份制企业占用国家股股利问题是一个老大难问题。国家为了不使企业因抽走国家股利而导致资金短缺，制定了股份制企业有偿使用应付国家股股利的政策，但实际情况是企业把“应付国家股股利”和“资金占用费”全部挂帐不交，形成无偿占有，损害了国家利益。这一方面因为国家有关部门和股份制企业都还没有真正确立市场经济观念，所以在国家利益上没能真正体现“同股同权，同股同利”的原则；另一方面是国家有关部门监督不力。
五是动用企业资金炒股。股份制企业动用企业资金炒股也是一个不容忽视的问题，原因为：一是有的企业有充裕资金，又看好股票投资的回报，所以投资股票；二是几家股份制企业相互炒作对方股票，使自家股票取得良好的市场表现。但这样一方面会误导投资人的投资行为，另一方面会损害了投资行为的公正性，严重侵害了广大投资人的利益。
六是企业财务不真实。股份制企业财务不真实的问题不但具有普遍性，而且有愈演愈烈的倾向，如有的企业会计报表披露利润总额1000多万元，而实际上只有1万多元，违纪问题主要有虚增资产、脱逃负债、虚增利润、漏交税金等，比如将管理费用、财务费用等挂帐在“待摊费用”、“递延资产”帐户上，其目的都是要把利润“作大”，以达到“配股“或“上市”的目的，实际上是坑害投资者。
解决股份制企业存在的以上问题，应当从以下几个方面入手：
首先，以《公司法》规范试点企业，使其无论能否成为上市公司，都严格依法进行市场运作。目前的一些企业把面临的困难简单地理解为资金紧张，而忽视了企业在市场经济中应作的努力，个别企业把精力放在走关系、跑上市上，而不是放在研究市场、加强管理上，致使企业越来越难。对这种情况，只有以法来规范企业行为，才能促其进入市场，自我发展。
其次，规范外部环境。无须赘述外部环境对企业发展所造成的影响，如果不能切断伸向企业的一只只手，使企业没有束缚地在市场里运作，那么企业只能是面临更大的困难。而规范外部环境，既需要真正的法制力度，也需要政府加大对有关部门的管理力度。
第三，规范股份制企业的国有股股权，即国有股股权可由一个统一的国家投资公司代表，改变现在由分散的企业主管部门代表的方式。这样由投资公司一家对国家负责，易于管理，避免目前由企业主管部门代表，把国家的钱都用在维持企业不死上的分散管理办法。至于产业结构、产品结构和市场份额等问题的调控和协调则由国家宏观部门和行业协会以及市场机制来解决。
第四，加强对企业的监管力度。对于弄虚作假的企业应加大监管力度，该处理的处理，对于不规范的企业，该约束的约束，该调整的调整。务必使企业规范自己的行为，维护投资者的利益。
第五，加强对中介机构的监管力度。近两年中介机构的违规事件屡有发生，一些中介机构受到处罚，但整个中介业务中存在的违规操作问题却普遍存在，其对投资人的伤害已到了非常严重的地步，并对证券业务、股份制改造造成严重伤害。因此，应加大对中介机构的监管力度，加大中介机构的执业风险意识。唯此，才能维护股份制经济的发展，维护证券业务的公正性，维护所有投资人的利益
