从法律上讲，子公司属于独立法人，分公司不是独立的法人。不同之处在于：第一，设立手续不同。到国外或外地创办子公司一般需要办理许多手续，设立程序相对复杂，设立费用必然较大；而分公司的设立相对简单，费用较少。第二，核算方式不同。子公司是独立法人，税收上独立核算；分公司不是独立法人，可以和总公司合并纳税。当然，何时可以汇总，不同国家、地区有不同的规定。我国规定，能够独立核算的分支机构应该单独纳税，不能汇总纳税。第三，税收优惠不同。子公司承担全面纳税义务，分公司仅承担有限纳税义务。许多国家对外国公司既征收公司所得税，又征收所谓的“分支机构税”。子公司在异国或异地是以独立法人形式出现，可以享受税收优惠，而分公司为非独立法人，不能享受这些优待。像我国实行的对外商“两免三减半”、“再投资退税”等优惠政策，则只能适用于独立法人。
我们可以在不同的时期设置不同的形式。在生产经营初期，设立分公司，等到生产经营正常化以后，改设为子公司。设立初期，其产生亏损的可能性极大。巨额的固定资产投资和广告费用支出使初创公司盈利可能性很小，即使有也是微利。这时，运用分公司形式进行生常经营活动，可以用其产生的亏损去冲减总公司的利润，从而减少总公司的应纳税额。而等到生产经营出现盈利后，改设为子公司，则可以充分利用国家对新建企业的税收优惠政策进行筹划。如果设立初期便注册为子公司，则亏损无法当期弥补，即使盈利，也会因为盈利不多，而实际享受优惠政策非常有限。
这种分阶段的筹划，具体怎样安排可以从以下两方面着手：第一，时间安排。如果等到经营利润足够大时才改设，则可以最大限度利用税收优惠。而在盈利出现之初便改设，其实际享受到的优惠则会因为利润较小而非常有限。但是在出现利润之初便改设，可以最快地利用优惠政策少缴税款，而且每项产品都有一定的生命周期，如果等到利润较大时再改设，产品可能已经进入了衰退期，享受到的优惠也会随着时间的推移而逐渐变少；再加上国家政策的不断调整和投资机会的经常变化，也使得后期获得收益的有效程度受到挑战，这就要引入第二种安排。第二，资金投入安排。这种筹划的核心就是在生产经营初期大量地投入，比如加大广告费用、科研费用等开支，使得总公司的盈利最大程度地减少。而一旦设立子公司，将最大利润项目设在子公司。由于总公司的盈利情况不会发生较大变化，也不会导致母、子公司之间实行转让定价而进行纳税调整。如果筹划合理，前期的高投入一般会带来后期的高收益，子公司的高收益马上会因为税收政策优惠而实际效果较好。
