2006年，市财政将安排1亿元设立自主创新专项资金。到2010年，全市科技进步贡献率达到60％左右，全社会研究与试验发展（R&D）经费占GDP的比重超过2.5%%，具有自主品牌的产品销售占比达到30%%，使苏州成为国内重要的高新技术研发基地、产学研合作的科技成果转化基地、具有较强创新能力的国际先进制造业基地，科技综合实力进入全省乃至全国先进行列，基本建成国际新兴科技城市，建设创新型城市进入全面提高阶段。
以建设创新型城市为目标，《苏州市增强自主创新能力行动计划》明确了到“十一五”期末本市自主创新的目标任务、关键领域和重点工作，并提出了切实有效的保障措施。
自主创新企业大量涌现、产业科技水平持续提高、区域创新体系趋于完善、科技创新投入逐年增加、自主创新环境明显改善被列为“行动计划”5大目标任务。
“十一五”期间，每年实施自主创新重点扶持项目100项以上，累计认定省级以上高新技术企业1500家、民营科技企业3000家，形成一批拥有自主知识产权和知名品牌、国际竞争力较强的优势企业群。高新技术产业产值占规模以上工业总产值的比重达到40%，其中拥有自主知识产权的高新技术产业产值占全市高新技术产业产值的比重达到30%。全社会R&D经费占GDP的比重超过2.5%，高新技术企业、民营科技企业R&D经费投入占销售收入的比重超过5%。
按照国家中长期科技发展规划，结合苏州产业发展现状和趋势，“行动计划”确立了在十大关键领域组织攻关，即在集成电路与软件、现代通信、光电子、纳米技术、生物医药、装备制造业、节能环保、汽车零部件、精细化工，以及特色农业等领域加强技术集成和引进消化吸收再创新，促进我市优势产业关键技术、核心技术的重点突破和产业化水平的提升，推动经济社会发展实现新的跨越。
“行动计划”提出要强化体制机制创新，充分发挥政府在自主创新中的引导作用，市场在自主创新资源配置中的调控作用，企业在自主创新中的主体作用，高等院校、科研院所在自主创新中的源头作用，中介服务机构在自主创新中的促进作用，在实践中走出具有苏州特色的自主创新之路。据了解，“十一五”期间，我市将逐步健全资金投入、政策激励、合作互动、人才保障、诚信保障、指导服务等6大机制，确保创新型城市建设目标的实现。2006年，市财政将安排1亿元，设立自主创新专项资金，各县级市（区）也将结合本地实际设立自主创新专项和配套资金，上下联动，合力推进
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